12世纪，蒙古人强盛起来。13世纪初，成吉思汗及其子孙，在几十年内，不断发起战争，使蒙古成为一个地跨欧洲和亚洲的强大帝国。 

    公元1227年(成吉思汗二十二年)，成吉思汗从中亚西亚挥师，占领了西夏所属的沙、肃、甘、凉四州，控制了河西走廊。是年春，成吉思汗再次进攻西夏。“帝留兵攻夏王朝，自率师渡河攻积石州，二月破临洮，三月破洮、河、西宁三州”。蒙古军占领了湟水流域的西宁州,待地不守,迁民于云州，旋即离去。

    元朝为了军事的需要，于1253年在河州(今甘肃临夏市)设立了吐蕃等处宣慰司都元帅府，管理今甘南、川北、青海一带的事务。其后在至元年间，设总制(后改为宣政院)，管理这一带的军政、民政、财政等工作，是一种独特的行政体系。

    忽必烈即位后，在中统元年(1260年)，开始定内外官制，将全国划分了十二个大行政区，除“腹里”外，其他都称中书省(简称行省)，直隶中央政府。统辖路、府(州)、县。

    中统二年(1261年)，在原西夏境土，设甘肃等行中书省，治中兴府，至元三年(1266年)春罢，改立宣慰司，并入川陕行省。至元二十三年(1286年)再设甘肃行省，治甘州(今甘肃张掖)，辖七路二州五属州。

   在黄河流域，设贵德、积石二州，属河州路。今湟水流域，仍设西宁州。原先的乐州(今乐都)、廓州(今化隆)皆“省入西宁州”，属甘肃行省。

   从此，西宁成为湟水流域的行政中心，统辖今西宁市、湟中、平安、乐都、民和、化隆、大通、门源、互助等地区，一直延续到青海建省之前。 

    元制，凡一万五千户以上者为上州，六千户以上者为中州，六千户以下者为下州。因户数不足六千，西宁、贵德、积石等州为下州。

   同年设立西宁州拘榷课程所，管理市场贸易及税收等事宜。

    据《元史·地理志》“西宁州，元初为章吉驸马封地，至元二十三年立西宁等处拘榷课程所，二十四年封章吉为宁濮郡王，以镇其地。”之后有西宁王出伯(大德八年，1304年封)，西宁王速来蛮(天历二年，1329年封)，西平王贡哥等先后镇守西宁。镇守柴达木的有镇西武靖王铁木儿石花(大德七年，1297年封)及其后裔。

    元朝实行“铺兵制”传达军事信息，布宣号令。元时归中央通政司和中书省兵部管辖的驿站，在陕西行省地面内有八十一处，青海境内的驿站归陕西行省河州路管辖。在州县设有“递铺”，每十里或十五里、二十里、三十里设递铺一处。今西宁市城东区和城北区有不少以“十里铺”“二十里铺”等命名的村庄，可能是元时的递铺制度的遗留。选自《古今西宁》