西南回族穆斯林起义是中国清代咸丰、同治年间西南地区回族穆斯林反抗清王朝民族压迫的起义，在道光、咸丰年间，云南、贵州的官府及豪绅恶霸在地方实行“以汉制回”，接连制造欺凌、侮辱回民的事件。在官府庇护操纵下，各地地方团练“以屠灭回族为能事”，大肆煽动“见回即杀”。咸丰五至六年，云南兵练屠回愈演愈烈。云南巡抚舒兴阿更扬言“聚团屠回，须横直剿灭八百里”。回民朝不保夕，不得不奋起反抗。咸丰六年春夏之间，云南回民揭起义旗。咸丰八年，贵州西南部回民起义。次年，四川会理等地回民起义。

    中国清代咸丰、同治年间西南地区回族穆斯林反抗清王朝、建立伊斯兰宗教国家的起义，在道光、咸丰年间，云南、贵州的官府及豪绅恶霸在地方实行“以汉制回”，接连制造欺凌、侮辱回民的事件。在云南他郎(今墨江)、南安(今双柏)等地，屡次发生抢夺回民厂矿、肆意屠杀回民、焚烧清真寺和回民村庄的惨案。地方官不但不为被害回民昭雪，反而支持暴徒扩大事态。回民一旦抗争，即诬以“阴谋作乱”。在官府庇护操纵下，各地地方团练“以屠灭回族为能事”，大肆煽动“见回即杀”。有的地方官竟“出印结为凭”，放纵团练杀害回民。咸丰五至六年(1855～1856)，云南永昌、缅宁、昆岗、楚雄、大理、鹤丽剑等处兵练屠回愈演愈烈。云南巡抚舒兴阿更扬言“聚团屠回，须横直剿灭八百里”。回民朝不保夕，不得不奋起反抗。咸丰六年春夏之间，云南回民揭起义旗。咸丰八年(1858)，贵州西南部回民起义。次年，四川会理等地回民起义。

    云南回民起义分别由马国才在姚州(今姚安)，杜文秀在蒙化(今巍山)，马凌汉在昆阳，马如龙在建水，徐元吉在澄江，马占魁在立北等地发动、组织起义军，攻占城池。后伊斯兰教学者马复初高举“保护教门”大旗，率新兴(今玉溪)穆斯林起义后，义军声势更加壮大。各地起义以回族为主，同时联合汉、彝、白、傣、纳西、哈尼、傈僳等各族人民。参加起义的基本群众有农民、矿工、手工业者、小商贩等。起义初，多以清真寺为联络中心和起义据点，阿訇在各地起义中起了发动、组织和领导的作用。起义者以“保护教门”相号召，伊斯兰教成为发动和组织起义的思想旗帜。云南回民发动起义后，很快形成两支强大的力量：一支以杜文秀为首，活动于滇西各地，一支以马复初、马如龙为首，活动于滇东南一带。马如龙以新兴州及馆驿为基地，攻占滇南大部州县，称“大元帅”，先后于咸丰七年(1857)、九年(1859)和十一年(1861)3次攻打省城昆明。曾在咸丰九年袭取楚雄，全歼提督褚克昌所部清军。在第三次围攻昆明时，清政府采用了政治分化手段，将马如龙招降，并在以后数年内镇压了滇东南各地的起义军。杜文秀起义后于咸丰六年八月率义军夺取下关，九月攻克大理，被推为“总统兵马大元帅”，设文武职官，建立政权。成为滇西回民起义的中心，势力日益壮大，先后6次击败清军的进攻，全盛时期曾占领云南53县。同治八年八月(1869年9月)，云南布政史岑毓英率部反攻，义军与敌反复搏战，逐垒争夺，大司寇李芳园(汉族)、大司平马兴堂先后牺牲，加之清军将领杨玉科、李维述率部抄袭后路，义军伤亡颇大，被迫撤围，形势逆转。此后提督杨玉科等部清军连陷丽江、剑川、永北、水平、蒙化等10多个城镇，进逼大理府城，岑毓英应援于后。同治十一年(1872)十一月，清军包围大理，义军坚持斗争，殊死搏斗。其时东南各省各族起义军都已先后失败，大理义军粮尽援绝，杜文秀牺牲。十二月，大理失陷，清军将城内军民屠洗殆尽。义军余部在大司空李国纶带领下仍坚守腾越，顽强抗敌。因敌我力量悬殊，李国纶带千余人突围，退往云峰山，于同治十三年(1874)被俘就义，云南回民起义失败。
 
　　贵州回民起义由张凌翔、马河图领导。同治三年十月(1864年11月)张凌翔、马河图牺牲后，众推金万照(即金二阿訇)为首，领导起义军坚持斗争，至同治十一年十月(1872年11月)被贵州提督周达武等镇压，金万照被解往贵州就义。
 
　　四川会理回民起义由马荣先领导，于咸丰十年(1860)攻占会理州城，并联合云南回民起义军攻克黎溪等处，坚持到次年，遭清军会攻，会理城破，起义失败。
 
　　西南回民起义前后达18年，虽未能形成统一的起义组织，但云南、贵州、四川3省的回民起义均有联系并互相配合支援，也与太平军及其他各少数民族的反清起义有密切联系，是当时以太平天国为首的全国各族人民的反清起义的一个重要组成部分，有力地打击了清朝的腐败统治和民族压迫制度。特别是杜文秀领导的大理政权，起义时间之长，规模之大，斗争水平之高，都超过云南历史上和同一时期其他地方的回民起义，充分体现了回族穆斯林不屈不挠的团结战斗精神，是回族历史上光辉的一页。