到了元朝，蒙古统治者调遣了大批西域士兵戌守南疆，被称为“色目人”的这个群体以回族居多，他们沿着“海上丝绸之路”从中国大陆来到海南，很大一部分人留了下来。明朝永乐年间，回族宦官郑和带领庞大的船队七下西洋，行进的路线仍旧是“海上丝绸之路”；为了方便与沿途伊斯兰国家相处，在海南及南洋各港口留下了大量回族水手和工匠，很多人又融入到海南回族中。

　　明朝中期穆斯林迁入海南达到鼎盛，当时在越南南部有个占婆国，其族群为马来人的一个支系，于东汉末年聚集占城建立政权，因为与海南隔海相望，便一直有舟船往来；明代中后期，在越南吞并占婆国的过程中，大量王公贵族和平民百姓举家逃难而来，在海南岛沿海开辟了很多聚居地；由于他们大多皈依了伊斯兰，海南穆斯林人数从此倍增，最多时达到20万。凤凰镇大约就在这时有了清真寺，回民们在此建立村庄，建立起穆斯林的吉祥家园。

　　盛极而衰，清朝乾隆年间，云南发生了回民起义，遭到清政府残酷镇压，海南回族受到极大牵连，各地回民便不断有人迁离，十年间迁离海南者达10万之众。咸丰年间，因为“海富润事件”，又有3000多人移居南洋。后来由于避战、谋生、经商等，回民陆续迁离海南，分散到泰国、马来西亚、新加坡、印尼等地；留下来的，很多地方回民已融入到当地的汉族或黎族中，到清末海南只有凤凰镇还有回族；到1949年，凤凰镇回族人口已只有1700余人。

　　海南穆斯林的早期活动遗迹

　　海浪抹去了商旅的痕迹，海沙淤塞了繁忙的港口，冲刷不去的是早年穆斯林在这块土地上扎下的深深脚印。在三亚一带，先后发现了梅山、干教坡、番岭坡、土福湾等四大古墓葬群，其墓葬形式和一些碑文承载着大唐及以后各朝代信息，是海南穆斯林发展的重要物证。

　　地名是研究民族历史的活化石，海南岛沿海大量带“番”的古地名就是回民曾经生活的例证。如海口的蕃营，琼山的蕃诞村，黄流的番塘，陵水的番人坡，万宁的番村；儋州的番浦；三亚最多，有番邦、番人塘、番园村、番人井、番人田、番坊里……

　　大旦港是“海上丝绸之路”的重要港口，当年聚居着大量穆斯林，位于崖城镇临川河出海口；如今港口淤塞，帆影桨声已经消失，穆斯林的身影远去，只有宽阔的河床让人依稀感觉当年的盛况。在万州的太阳坡，民国十年还有清真寺遗留；儋州的峨蔓村、乐东的黄流、崖城的港门等地，都散落着回族先民生活的痕迹。此外，环海南各商埠遗存的明清建筑，多为南洋风格，隐约也能找到伊斯兰痕迹。伊斯兰文物最集中的当属凤凰镇，清真古寺中存放的乾隆古碑，就是当年穆斯林活动范围和生活状况的实证，这里居住的回民本身就承载着海南穆斯林的一切信息。

　　海南穆斯林最坚实的栖息乐土

　　早在明朝成化年间，占城人乘舟楫横越海峡一批又一批到来，选择三亚河中游的临海地带作为栖居地，建起称为“所三亚里”的村庄。在这里他们既能在海滩上结网打渔，又能顺着三亚河扬帆出海，保持了他们的渔业传统。后来日本人占领海南，在“所三亚里”修建机场，大批回民被迫迁至三公里外的羊栏，形成今天回民聚居的两个村子，即“羊栏”一带的回辉村和“所三亚里”演变成的回新村。