阿亚图拉赛义德·阿里·哈梅内伊于1939年4月18日生于圣城马什哈德，他出生几个月后便爆发第二次世界大战。赛义德·阿里家境贫寒，是宗教世家赛义德·贾瓦德·哈梅内伊的次子。父亲是一位谦虚的宗教学者，常教导家人怎样过一种简单、谦虚的生活方式。“虽然我的父亲是一位著名的宗教人士，还有那么一点点禁欲主义。但我们生活艰苦，有时晚饭没其他吃的，只有面包就着葡萄干，这还是我的母亲即兴发明的……我们家只有65平方米，一间房和一个黑暗的地下室。当有客人来请教我父亲（当做当地的教长）他们遇到的问题时，我们一家人只好到地下室去……过了几年，一些乐施好散的人买了我家旁边的一小块空地给我们，我们才得以有两间房！”

 

    他的教育

 

     赛义德·阿里四岁时，便和他的哥哥穆罕默德一同被送到一所陈旧的马克塔卜小学（maktab）学习字母和古兰经。后来转到新成立的伊斯兰学校继续学习。

 

     读完小学，便到马什哈德的宗教学院继续学习。阿亚图拉哈梅内伊说：“是我的父母一直激励着我，尤其是我父亲。”。在苏莱曼·可汗和纳瓦卜（Soleiman Khan and Nawwab）宗教学校，在父亲的监督下，在一些大宗教学者的指导下，在短短的约5年的时间里，他就学完了逻辑学、哲学和伊斯兰法学等所有的“中级课程”，然后从师于大阿亚图拉米拉尼等知名学者和导师开始他“德尔西·卡汗里基”（darsi kharij）的“深造”。

 

     在著名的纳杰夫和库姆宗教学校

 

     阿里·赛义德18岁时就开始最高水平的学习。与此同时，他决定前往伊拉克的圣地旅行，于是在1957年，他离开伊朗前往纳杰夫。他被这里的哈基姆, 沙哈如迪（shahrudi）、赞贾尼、亚兹迪和布鲁杰迪等著名的阿亚图拉那种宗教且专业解释伊斯兰的方式所吸引。听了他们的课后，想留下来从这些优秀的老师中汲取营养。但他的父亲想让他在德黑兰附近的圣城库姆继续深造，所以为尊重他父亲的意愿，他于1958年回到伊朗。1958年——1964年，勤奋、热情的他在库姆继续深造学习，在布鲁杰迪、霍梅尼、哈埃里亚兹迪和塔巴塔拜等大学者和大阿亚图拉的教导下，获益匪浅。

 

      就在这时，他获悉父亲的一只眼睛失明，已不能很好的阅读。于是他返回马什哈德，边照顾父亲边从父亲那里学习，还从住在马什哈德的阿亚图拉米拉尼和其它重要的学者那里学习。此时，年轻的赛义德·阿里完成了他的高水平的学习，成为一个“穆智台希德”（教法演绎家，能够根据古兰经、圣训推论、演绎教法和在教徒中赢得声望者），并开始为年轻的宗教学院和大学学生教授各种宗教科目。

 

      回顾他生活的这一重要开始，这位伊朗伊斯兰共和国领袖这样说:“如果我的生命中有任何成就，那全都应该归于安拉的喜爱和赐悯，因为我孝敬关心父母。”

 

     政治活动

 

     阿亚图拉哈梅内伊说：“在政治、革命思想和伊斯兰法学领域，我确实是伊麻目霍梅尼的追随者。”他还说:“最初的伊斯兰思想的火花、革命思想以及反对巴列维国王的专制和其英国支持者的责任在我13岁时在我的灵魂里点燃了，那是1952年，英勇的教长纳瓦布·萨法维（Nawwab Safavi）——后来殉教于巴列维政权下，来到我们马什哈德的学校，作了一场演讲，反对巴列维国王的反伊斯兰、骗人政策。”

 

      1962年，在库姆，赛义德·阿里追随伊麻目霍梅尼参加反对亲美、反伊斯兰政策的巴列维政权的革命。

 

      为未来的16年里，他无所畏惧的献身于他所遵循的这条道路，直到巴列维暴政最终垮台，迫害、折磨、监禁和流放都不能令他动摇了一下。

 

     1963年5月(伊历元月)，伊麻目霍梅尼很赏识年轻、勇敢的赛义德·阿里，便委派他送密信给马什哈德的阿亚图拉米拉尼和其他呼罗珊省的教内人士，揭露巴列维政权掩盖真相的方法和手段。他妥善的完成了这一任务，然后到比尔姜德市宣传伊麻目霍梅尼的政策。在这里，他首次被捕，关押了一晚，第二天当局释放他，但他不得发表演讲。他知道从这一刻起他将受到警察的24小时监视。可是他并没有屈服于警方的威胁，后来又因参与1963年6月流血示威活动再次被捕，被转往马什哈德严密的监禁了10天。

 

      1964年1月( 1383年斋月)在严密组织的计划下，哈梅内伊和几个好友到伊朗南部的克里曼和扎赫丹，揭露巴列维国王所谓的改革假公投。作了很多公开演讲，揭露巴列维国王的“撒旦”、美国政策。这一次巴列维很害怕，于是其萨瓦克（ＳＡＶＡＫ）情报机构介入，在一个深夜逮捕了他，空运到德黑兰，单独关押了两个月，遭受很多种虐待和酷刑。

 

     一获释，他便开始在马什哈德和德黑兰教授《古兰注释》、《圣训》和《伊斯兰思想》的课程，最受伊朗革命青年的欢迎。他知道萨瓦克紧盯着他，便于1967年被迫转入地下。但他又因上这些课和进行伊斯兰的讨论再次被捕。

 

      阿亚图拉哈梅内伊对萨瓦克实施这样的措施理由有自己的解释：“从1970年起，因为一个武装运动正在酝酿，因此执政者很敏感，所以反对我的严厉行动增加了。他们不相信武装行动不能具有一个健全的伊斯兰意识形态。他们认为这些革命肯定有联系，认为人们喜欢我，是因为我有意识而又有目的的活动。尽管这样，我被释放后，更多的人来听我的古兰经教义课，很多人参加了我们的秘密聚会。”