这一时期，在回族、撒拉、东乡、保安等穆斯林聚居的甘肃、宁夏、青海地区，由于伊斯兰教苏菲主义思想的传入，形成苏菲“门宦”派别。早在宋末元初，伊斯兰教苏菲派的修道者在中国东南沿海及内地某些要地已有传教活动，但并没有形成门宦和派别。明末清初以来，海禁开放后，中西交通畅行，西亚和中亚的一些苏菲派传教师来到中国西北地区，传播苏菲主义教义，也有中国穆斯林因朝觐麦加及游学阿拉伯各国接受苏菲主义思想后回国传道的。苏菲派关于现实虚幻、净化灵魂以求人主合一的说教，以及提倡坚忍、苦行、节欲、修炼的做法，对于穷困的穆斯林有巨大的吸引力。
　
  　随着门宦创始人声誉的不断提高，信仰者日渐增多，门宦也就应运而生，先后形成大小门宦有33个，按其宗教主张，主要有戛迪林耶、哲赫林耶、虎非耶和库布林耶，习称“四大门宦”。门宦的特点，首先是尊崇该门宦的创始人，称为“老人家”、“谢赫”，信徒视他们为通向“安拉之道的引领人”。在世时受到教众的崇敬，殁后要在其墓地修建“拱北”墓庐，信徒每年在其忌日前往拜谒、念经等。其次各门宦管辖许多教坊。为了管理广大教众，教主便委派“热依斯”为代理人，到各教坊的中心清真寺担任教长，从而形成了层层有隶属关系的扩大教坊制度。第三，有的门宦教主实行世袭制，“以始传者之子孙世世为掌教”。少数门宦倡导传贤制，但教主的继承者也多出自其亲族。
　　
      新疆伊斯兰教

　　约于五代北宋之际伊斯兰教从中亚开始传入新疆地区。在传播方式上与内地不同。据文献记载，10世纪初，回鹘西迁时一支回鹘人(即今维吾尔族祖先)在汗族庞特勤率领下与居住在中亚七河流域至楚河流域(今吉尔吉斯斯坦及哈萨克斯坦部分地区)的葛逻禄、样磨、乌古斯、处月等古代突厥语族的各族人民，在西域建立了喀喇汗王朝(约940～1211)。汗国实行游牧民族常见的“双汗制”，大汗称阿尔斯兰(突厥语意为“狮子”)可汗，驻地巴拉沙衮(今吉尔吉斯斯坦的托克马克)，副汗称布格拉(即公驼)可汗，驻地初在怛逻斯(今哈萨克斯坦的江布尔)，后迁至喀什噶尔(今新疆喀什)。据14世纪维吾尔历史学家杰马尔·卡尔西《苏拉赫词典补编》记载，10世纪上半叶，王朝第一任大汗毗伽阙·卡迪尔汗之孙、驻喀什噶尔的萨图克·布格拉汗，受避居喀什北部阿图什的中亚萨曼王朝(874～996)王室成员艾布·奈斯尔·萨曼尼的影响而首先接受伊斯兰教信仰，经与其叔父奥古斯勒恰克进行斗争并取得胜利，使汗国的东支率先归信伊斯兰教，开喀喇汗王朝伊斯兰化之先河。955年，其于穆萨·阿卜杜勒·凯里姆即汗位后，将伊斯兰教定为国教，在争夺王位的斗争中把伊斯兰教推行到大汗驻地一带。
　　
    11世纪阿拉伯史学家伊本·米斯凯韦和12世纪历史学家伊本·艾西尔在《历史大全》中提到，960年有20万帐突厥游牧民族归信了伊斯兰教。11世纪初期，穆萨之子哈桑·布格拉汗及其孙优素福·卡迪尔汗都以喀什噶尔为中心，向新疆东北和东南部继续扩充其势力，在占据英吉莎、叶尔羌等地后，优素福曾向于阗(今和田)佛教地区发动“圣战”。经过20年的战争才灭掉了于阗李氏王朝，把疆域扩大到约昌城以东(今新疆若羌县境内)，使于阗古老的佛教重地后来逐渐伊斯兰化。12世纪中叶，地跨葱岭东西的喀喇汗王朝被东来的契丹人所占据，包括今新疆在内。这时奉不同宗教信仰的回还处在西辽(1132～1218)政权的统一管辖之下。西鹘人辽上层信仰佛教，但对其它宗教并不严加排斥(篡夺西辽政权的乃蛮部屈出律采取敌视态度除外)，因此这一时期伊斯兰教仍有所发展。据《长春真人西游记》载，迄元朝建立之前，当时伊斯兰教与佛教在新疆以昌八剌(今吉木萨尔)为界，以东为佛教势力，以西以喀什噶尔为中心，北路沿塔里木盆地北缘到阿克苏、库车之间，南路沿莎车、叶城、和田到且末一带，都为伊斯兰教势力范围。费志尼《世界征服者史》说，13世纪西辽末代君主屈出律强迫穆斯林放弃伊斯兰教信仰时，和田的伊玛目同他据理辩论，表明伊斯兰教在这一地区已有牢固基础。西辽末年，伊犁河流域的阿力麻里地区还出现了伊斯兰化的小王国，这是伊斯兰教第一次传播到天山以北的游牧区。