17世纪的卫藏地区，五世达赖喇嘛得到厄鲁特蒙古和清政府的支持，格鲁派成为藏传佛教主流。不丹支持主巴噶举派与格鲁派抗争，引起蒙藏联军与不丹的战争（1644年）。拉达克王森格南吉（？—1646）之子德丹南吉（bDe—Idan—rnam—ngyel），约1646—1675年在位）声称自己信奉主巴派（注：《黄琉璃》（Vaidu-rya-ser-po，藏文）。转引自杜齐（G. Tucii）《西藏中世纪史》，中国社会科学院民族研究所，1980。），于1661年“派人给达延汗和第巴送来言辞粗鲁的信，为不丹人助威。”（注：丹珠昂奔主编，《历辈达赖喇嘛和班禅额尔德尼年谱》中央民族大学出版社，1998，第132、186、99、171、80、184、131、149、172、188页。）到德丹南吉之子德列南吉（Delegs Namgyal），约1675—1705年在位）时，于1679年左右进攻西藏阿里地区，被蒙藏联军击败。德列南吉求救于莫卧尔帝国，莫卧尔出兵击退了蒙藏联军。德列南吉却也因此被迫接受伊斯兰教， 他被赋予一个穆斯林名字：“Ak-abalMahmud Khan”（阿克巴·马哈默德·汗）， 这个名字被铸造在一种叫做“Jau”的硬币上，这是西部藏区唯一的一种硬币。 他的妻子和一个儿子（Jigpal Namgyal，吉朴南吉）被作为人质带到克什米尔，还必须每年向克什米尔纳贡。他不得不允许伊斯兰教在拉达克传播，在首府列城（Leh）建造了清真寺。 靠近克什米尔和巴尔蒂的拉达克西部地区大部分改宗了伊斯兰教， 列城周围也散布着相当多的穆斯林（注：History,Folklore & Culture of Tibet,by A.H.Francke,Delhi,1978。）。

　　3、阿里地区（mNgav－Ris）
　
　　古格（Gu－ge）王朝建立于10世纪，传28代，1630年被拉达克王森格南吉所灭。首府扎布让（rtsa－brang）在今阿里地区扎达县境内。古格与伊斯兰教最早的接触发生在11世纪。古格王德尊衮的次子松埃（Srong－nge）后半生出家，称为“拉喇嘛益西约”（Lha- bla- ma- ye-shes-vod），他在为迎接印度高僧阿底峡（982—1054）入藏而到处寻求黄金时，为“卡洛王”（Gar－log－gi－rgyal－po）捉获。 据认为“卡洛”是指当时据有于阗、叶尔羌、喀什的突厥喀拉汗王朝（992—1212）（注：［明］班钦·索南查巴著，黄颢译。《新红史》第39页，《土观宗教源流》西藏人民出版社，1984，第47页，［清］土观·罗桑却吉尼玛著，刘立千译。）。据说喀拉汗王朝要求古格以等身重的黄金为益西约赎身，或改宗伊斯兰教，益西约拒绝，让其侄用此黄金前去迎请阿底峡，益西约遂为佛法而死，时约在1036年。（注：冈日瓦·群英多吉著。《雪域西部阿里廓尔松早期史》（藏文）西藏人民出版社，1996，第49、50页。）
　
　　14世纪以后，随着阿里毗邻的克什米尔地区伊斯兰化的完成，可能已有穆斯林进入古格活动。16世纪，伊斯兰化的蒙古人侵入拉达克、巴尔蒂和克什米尔以后，又大举进攻阿里地区。米尔咱·马黑麻·海答尔于1533年从玛城（拉达克一带）东进远征卫藏（URSANG，原文如此），西方研究者认为他最远没有越过今西藏的佩枯错（Palgu或Palu Lake）。他在归途中曾至古迦（Guga，原文如此，似应为古格）征收赋税（注：米尔咱·马黑麻·海达尔著，《中亚蒙兀尔史（拉失德史）》（第二编）新疆人民出版社，1983，第390、446页注、139页。）。 但这次远征似乎没有造成伊斯兰教在该地的影响。1600年巴尔蒂阿里·谢尔·汗进攻拉达克时据说一直打到了西藏本土——巴尔蒂语中称为“赫拉尤尔”，意为“仙女和天神之国”；最远到达玛旁雍错和尼泊尔边界之间的博朗格普兰（Burang）（注：陆水林《巴尔蒂斯坦简介》，《国外藏学研究译文集》（第六集），西藏人民出版社，1989。）。

　　进入古格境内活动的主要是克什米尔、印度、拉达克的穆斯林商人。1624年，葡萄牙神甫安夺德（Antonio de Andrade, 1580—1634）来到扎布让传播天主教，古格王犀扎西查巴德（Kri－bKra－Sis －grags－pa－lde）接见他时由克什米尔穆斯林做翻译。安夺德向古格王提出的五个条件之一是“不得听信克什米尔穆斯林反对我们的谗言，因为他们是反对我们的教义的。”（注：伍昆明著，参见《早期传教士进藏活动史》中国藏学出版社，1992，第139页。）古格王则签署了用“波斯文”写的文件，命令所有与古格有贸易关系的阿格拉（Agra）和拉合尔（Lahore）的穆斯林，把传教士的东西象穆斯林自己的东西一样带到西藏。阿格拉和拉合尔是莫卧尔帝国（1526—1858）时代印度最大的两座城市（注：［巴基斯坦］赛义德·菲亚慈·马茂德著，《伊斯兰教简史》中国社会科学出版社，1981，第77、263、547、538页。）。1626 年另一位葡萄牙神甫戈迪尼翁（Francis Godinho，1596—1662）在一封信中谈到古格王拆毁了扎布让的一座清真寺（注：《早期传教士进藏活动史》。及霍斯坦（H.Hosten）：“1628年8月16 日耶酥会士弗朗希斯科·郭丁和神父从西部西藏扎布让发出的一封信”，《皇家亚洲协会杂志》卷21，1925。）。这表明，至少在17世纪穆斯林商人的活动在古格境内有重要影响，并建立了清真寺。