公元1784年四月，马明心之徒田五（撒拉族，又名田富）、张文庆（民族不详），宣布为马明心道祖复仇、反抗清政府灭绝哲合忍耶。在苏四十三失败后，田五暗中联络包括回族在内的各族哲和忍耶教派信徒，铸造兵器于六月二日与清军展开大战。七月初，起义军的最后据点通渭县石峰堡陷落，随后清军对当地忍耶教派的各族信徒展开了的屠杀。

    道光二十五年（1845年），云南爆发了以杜文秀为首的反清起义。云南永昌地区因回汉族“唱曲”发生摩擦，以至酿成官府残杀回族的事端。杜文秀等为此代表回族上京控诉，但未得到妥善解决。咸丰六年，临安（今建水）汉族恶霸又屡次制造事端，烧杀回族村寨，而云南巡抚也密令各地聚团练杀回，激起了回族反抗。是年在杜文秀的领导下云南回族联合汉、彝、白等民族在蒙化（今巍山）举行起义，攻克大理府，建立大理政权，杜文秀被推为总兵马大元帅。在之后的16年起义斗争中，他率领起义军先后占领云南53个州县，宣布响应太平无国号召，施行轻赋税、重生产等政策，赢得了云南各民族人民的爱戴。1872年，清军围攻大理。在大理将陷时，他“唯愿拼舍一身，以救数万生灵”，服毒后前往清营，被杀害。时年44岁。

     1858年（清朝咸丰八年），当时，在清王朝的封建统治下当地各族人民过着悲惨的生活，既而在咸丰年间各族人民纷纷发起反抗。1858年（清同治11年）12月贵州普安厅（如今的盘县）的回族百姓在张凌翔、马河图等领导下举行武装起义，兴义府（如今的安龙）回、汉、布衣、苗等族百姓纷纷响应，起义队伍迅速壮大。在1866年4月的反清斗争中，张凌翔、马河图阵亡。1872年5月31日夜由于起义军内部又出现叛徒，将起义军将士及其家属残酷杀害，部将金万照也英勇就义，至此，坚持14 年之久的黔西南回族起义归于失败！

     清同治年间（1862－ 1874年）陕西境内部分回族因“回勇买竹子事件”遭到当地乡绅和官员的诬陷欺压，从而爆发了回族反清起义，起义领袖人物有十余位，其中最著名的当属白彦虎。后终因寡不敌众，起义过后，陕西原有的七、八十万回族最后仅剩下西安城内和陕南的二、三万。白彦虎被迫携余军、眷向西北疾渡纳林河，逃往俄境，遂定居于今中亚吉尔吉斯斯坦和哈萨克斯坦境内。白彦虎领导的陕西和西北回族反清起义转战数万里，英勇善战，宁死不屈。今哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦等地的回族（当地称东干）系这支军眷的后裔。

     1912—1949年，国民党执政的中华民国时期，国民党奉行大汉主义，推行大汉族主义压迫少数民族的政策，一方面宣布国内各民族一律平等，另一方面又不愿承认少数民族的存在，整个国家成了各少数民族的大牢狱，是所有少数民族人民历史上最黑暗的时期，他们把汉族以外的各少数民族称之为“宗族”（见蒋介石《中国之命运》），或者汉族的分支。国民党提倡的所谓汉、满、蒙、回、藏五族共和，也具有很大的欺骗性。他们不仅歧视回族的风俗习惯，而且还不愿承认回族的存在，蒋介石操纵下的“国民大会”把回族称作“生活习惯特殊之国民”。在大汉主义的威逼利诱下，个别回族军阀、官僚和部分有宗教特权的门宦教主和把头们，不但置民族尊严而不顾，还加重了对各族穆斯林的剥削和奴役，极端宗派势力和大汉主义一道，千方百计打击回族人的民族自尊，受到广大回族人民的唾弃。国民党这种逆民族历史而行、与现实民族自尊而不顾的大汉主义行径给各族人民带来的深重的灾难和屈辱。

    1919年，“五四运动”爆发，回族爱国革命先驱郭隆真、马骏、刘清扬等与周恩来、邓颖超等爱国人士，一并发起组织了“觉悟社”、“天津女界爱国同志会”、“哈尔滨救国唤醒团”等，提出：“国难当头，妇女应该从深渊中跳出来，冲破封建束缚，救国救民。爱国不分男女，救国不能后人”的革命口号。积极参加、组织和领导反帝反封建的游行、示威、宣传、请愿等革命活动，掀起了轰轰烈烈的反帝反封建的革命浪潮。

威镇敌胆的马本斋及其领导的回民支队

   1930年，反对国民党大汉主义的回族青年会在北京成立。1930年北平（北京）各高等院校的回族学生倡议并创立了“回族青年会”，创有刊物《回族青年》，强烈反对回族是汉人信奉伊斯兰教的歪理邪说，维护回族是中国的一个独立民族的尊严，只有实行民族自治才能解决回族问题。回族青年会在1937年，由于日本帝国主义的侵略，停止在北平活动。后于1939年在重庆复会，因国民党政府反对使用“ 回族”这一称谓，被迫改称“中国伊斯兰青年会”，会刊改称《伊斯兰青年》，在大后方各地广泛设立分支会。1945年该会负责人薛文波、马汝邻等驳斥蒋介石不承认回回是民族的说法，再一次提出回回是一个民族，并为争取民族权利展开各种活动。