相较于天主教发展历程的曲折，闽台两地基督新教的关系则更为明朗。基督新教虽于荷据时期（公元1624-1662年，即明天启四年至清康熙元年）即已传入台湾，但规模、影响较小，并随着荷兰人被驱逐而烟消云散。真正对现代台湾基督新教发展影响深远的是近代台湾的传教活动，而当时新教在台湾的传播与福建有着密切的联系，这些联系主要表现在以下几个方面：

　　福建与台湾基督新教形成中心基地与分站、母会与子会的关系。无论在组织、人员还是传播方式等方面，台湾的基督新教都是从福建传过去的。清道光末年（公元1850年），英国长老会差会抵达厦门传教。在厦门立足后，长老会很快就注意到闽台之间密不可分的关系，并开始酝酿去台湾传教的计划。清咸丰十年（公元1860年），长老会派遣驻厦门的杜嘉德牧师一行前往台湾进行考察，杜嘉德等人发现台湾与福建的方言及风俗相同，认为台湾是一个理想的传教场所。返航后，杜嘉德便向长老会建议将台湾纳入他们的海外传教范围并得到批准，由是拉开了近代新教在台湾传教的帷幕。第一任赴台宣教的传教士是马雅各，他于清咸丰十四年（公元1864年）抵达厦门，同年随同杜嘉德入台做传教的前期准备。翌年，马雅各、杜嘉德偕3位中国助手正式由闽入台传教，建立了第一座礼拜堂，有了第一批信徒。台湾早期信徒的施洗都是由从福建短期赴台访问的传教士帮助实行。之后，长老会又从福建派出诸多牧师入台，逐渐拓展教务。

　　长老会在台湾传教的过程中，始终以厦门为中心基地，并从厦门派遣传教人员入台考察、正式传教等，这表明长老会设在厦门的总会与台湾教会之间是母会与子会的关系。同时，长老会在台湾建立教堂、成立教会，也要向设在厦门的总会报告。可以说，在很长一段时期内，台湾教会一直是长老会在福建的教会的分会之一，隶属于厦门总会。

　　闽台基督新教长期保持密切往来关系，历久而未间断。英国长老会差会在台湾建立的教会隶属于福建厦门总会，这种局面一直持续到清光绪三年（公元1877年）。清光绪三年（公元1877年），长老会成立台南教会，台湾教会逐渐有了自主自决的权力。尽管如此，闽台两地基督新教还是紧密联系、频繁互动。长老会仍然不定期派遣传教士入台协助工作或交流经验，台湾教会也经常派出人员到福建访问参观，互相学习交流，即便在日据时期（公元1895-1945年，即清光绪二十一年至抗战胜利）也是如此。1912年10月，台湾南北两长老会在新化举行大会，闽南总会会使宛礼文及杨怀德两位牧师参加致辞，祝贺南北教会联合。更为显著的是，福建的牧师和信徒频频前往台湾工作，例如清光绪五年（公元1879年），厦门教徒王世杰到台任教，还担任宣教师的语言教员。清宣统元年（公元1909年）至1915年，厦门教会派出传教经验丰富的何希仁牧师由闽南永春前往台湾，为当地民众宣教讲道等。

　　两地教会以闽南语为纽带，使用相同的教会出版物。闽台汉民族语源同一，传教士深谙其理。他们在宣教过程中，编撰了不少闽南语工具手册，供传教人员和闽台居民使用。清同治十二年（公元1873年）出版的由杜嘉德编撰的《厦英大辞典》，是闽台两地最重要和最常用的一部字典。该字典详列厦、漳、泉三地闽南语的差别及使用方法，出版后流传很广。1913年出版的由甘为霖编撰的《厦门音新字典》在两岸也应用甚广。1913年开始，英国长老会传教士巴克礼在厦门当地的华牧与传道员的协助下，改译厦门音罗马字圣经，最终于1930年完成并出版使用。

　　闽台基督宗教深厚的历史渊源以及现代台湾教会在很大程度上由福建教会孕育延伸等史实，为我们述说闽台文化亲缘提供了新的视角和论据。当我们回顾几百年前甚或更近的数十年前的这段历史，不禁要为两岸的情谊所感动，即便是在曲折的逆境中，它们仍然维持着良好的互动。这段历史再次说明闽台文化密不可分、两岸民众血脉相连的事实。

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