1925年，冯玉祥任西北边防督办兼甘肃督办后，派刘郁芬、蒋鸿遇代行职权，刘等带领大军入甘后，派驻河州的赵席聘部队对回民肆意欺凌，例如在回民饭馆内炒猪肉吃，殴打回民群众或强迫回民吃猪肉，引起回民群众的极大愤怒。马麒马麟也对国民军深怀疑虑。次年3月，陇东镇守使张兆钾勾结黄得贵和鲁大昌等反对国民军，围攻兰州，并派人到西宁联络马麒、马麒，马麒考虑自身处境，暗中参加活动。张兆钾等失败后，刘郁芬乘胜先撤销甘州镇守使马，进而图谋西宁。至此，甘肃原来的8个镇守使中，仅马麟尚存。但马麒、马麟对国民军虽未公开反对，而“庆父不除，鲁难未已”，对国民军骎骎进迫的形势，未能一日去怀，遂于1928年令侄子马仲英赴河州，策动当地回民起而反抗。一面又暗派骑兵青马队、黑马队假装变兵，开往河州参加马仲英部，遂酿成河州空前未有之惨剧。

     是年，因甘肃督办刘郁芬诱杀师长李长清于督办公署后花园，各镇守使都疑惧横生。宁海军屡次哗变，变兵啸聚于高庙子、老鸦城及享堂一带，兰宁之间交通梗塞，行人断绝。在这种情况下，马麒和马麟商议，要派代表赴兰与刘郁芬接洽，当派镇署总务处长周希武、青海垦务局会办朱绣、西宁县长赵从懿及绅士基生兰、蔡占珽等为代表，由马麟亲自率队护送。当时马步芳和马步青、马步瀛等反对与国民军合作，认为所派代表俱系“汉奸”，经秘密相商，谋在中途狙击。周、朱等明知为冒险之事，但当时看见青海局势紧张，自己所处地位亦极危险，如侥幸至兰，尚可保全旧局面，故毅然一行。他们一行由西宁起程后，马步青、马步芳等指示部下暗藏于老鸦峡的莲花寺中，各代表在老鸦城“打尖(吃饭)”后，周、朱、赵三人恐发生意外，遂舍所坐“架窝子(驮轿)”，各骑大马，想加速冲出险地。不意行至莲花台时，预伏的匪徒突由莲花寺庙中拥出，先将朱击毙，尸身尚挺马上。周在最前，听见枪声，放马奔逃，匪徒随后追赶，周连中数弹，当即毙命。赵在最后，看见二人被害，即由马上自动跌于崖下，抱头装死，匪徒以石击赵的头部，以为已死再未细看，乃舍之远。护送兵士，也下崖渡河，奔往河州。及至马麟带数10人赶到，见此情况，放声大哭，想掏出手枪自杀，经随从夺枪而止。乃将赵于崖下救回，与马麟同回西宁。当时，西宁一般人士都认为朱、周之被害，是马麒兄弟的预谋，因朱、周平日与冯玉祥部有联系，被马麒家族所隐恨，视为必须杀之而后快。

    马仲英所部在河州与国民军对峙一年之久，双方损失都很惨重。刘郁芬亲率大军赴河州剿办，马仲英以众寡悬殊，溃窜洮、泯州一带。刘郁芬率领部队炮轰西乡癿藏马麟的家乡，时马麟适在家中，听到炮声，惊慌异常，以为此生休矣。忽听炮声渐稀，刘郁芬带卫士数名闯入马麟家中，马见面后放声大哭说：“我们兄弟俩是好先人的后代，从来拥护冯总司令，不料侄子大了不听话，部队也无法约束，实在对不起督办。我们兄弟都老了，家口众多，还望督办保护。”刘郁芬说：“你们不要这样伤心，你和马镇守使对国民军的忠实拥护，我们很感激。现在虽然战事平息了，但善后的事情还很多，需要你和马镇守使多多帮忙。我看你不要坐在家里，还是和我一同到兰州去，有许多事情要和你商量。”马麟转哭为笑说：“这就好极了!”遂与刘一同返兰州，刘任马为河州宣抚副使，凡有关青海军政事件，刘都与马麟会商，马亦竭诚谋划献策。由此，马麒兄弟与国民军的隔阂日渐消除。

    1929年，青海建省，孙连仲任青海省政府主席，以袁其祓为省政府秘书长，王玉堂为民政厅长，邓德堂为财政厅长，马麟为建设厅长，杨希尧为教育厅代办。时马麟住兰州，由秘书姚钧组织建设厅。马麟回西宁后，除办理日常公文外，并设立了一个小规模的毛织工厂。未几，省军垦委员会成立，马麟兼任委员长，安树德等为委员。

     同年11月，马仲英率部窜扰贵德，孙连仲令马麟前往收抚，行至拉鸡山沟遇见马仲英，马仲英一见马麟，喊叫士兵“把老阿爷捉住”，马麟和随从人员急忙勒马回奔，士兵开枪射击，打伤马麟手指。

    1930年，冯玉祥与阎锡山合力倒蒋，冯令刘郁芬部开赴前方参战，孙连仲部亦随刘郁芬离青开往前方，即任马麒为青海省政府主席，任马步芳为青海暂编第一师师长。当时甘肃政局尚无人主持，遂举杨思、喇世俊、裴建准、张维、水柟、李俊潭和王廷翰等为委员主持省政；军事方面，只有雷中田所部的一个团，兵力亦殊单薄，这时马廷贤据天水，鲁大昌据洮岷，陈珪璋据平凉，都厉兵秣马，想趁虚进攻兰州，劫夺政权。于是杨思等几度开会磋商，只有向青海求援，渡此难关。遂商请青海省政府主席马麒，调马麟为甘肃剿匪司令。除由青海直接派马继融一旅驻防兰州大教场外，另编骑兵１师，定名为甘肃骑兵第一师，以马麟为师长，下属两团，一团团长马忠义，驻防定西，二团团长苏彦龙，分驻永登古浪一带。时马廷贤先头部队进抵定西，马麟命马忠义团前往截击，马廷贤无法前进，退回天水。此后马麟的甘肃剿匪司令被改为甘肃保安总司令。当时，马麟通过他的秘书长慕寿祺，与杨思等关系极为融洽，并且和雷中田合作。此外，冯玉祥当时视甘肃为根据地，不愿轻易放弃，遂任甘肃财政厅长王祯代理甘肃省政府主席，但王无实力，一切问题也取决于马麟。因此，马麟在兰州不满一年的时间里，大权在握，一切军政问题，都以他的马首是瞻。这是他生平最得意的一段经历，这也为1932年马麒死后，继任青海省政府主席打下了基础。

     1932年，马仲英由河州失败，又窜扰凉州后，赴南京见蒙藏委员会委员长马福祥，由马福祥引见蒋介石，蒋任马仲英为新编第三十六师师长。时马步芳欲占领河西走廊，以扩充实力。但无机可乘，不敢轻举，计谋再三，为了取得合法手续，乃派师部参谋戴瑾珊赴河南见西北绥靖主任顾祝同，陈述马仲英扰乱西北的罪行，顾与戴系保定军校同学，且受马步芳馈送的礼物，遂电令马步芳率队进剿。马步芳乃亲率部队逐马仲英于嘉峪关外。时正值马麒在上五庄水峡养病，马步芳由河西返西宁时，途经水峡和马麒见面，陈述逐杀马仲英情况，马麒以为马步芳对马仲英作战是骨肉相残，大为悲痛，因受刺激，以致昏厥，搬回西宁，当即病死。马麟闻讯，由兰州兼程抵西宁筹办丧事。当时对于青海省政府主席继任人选问题，少壮派拥护马步芳，马步芳本人也以为父死子袭，理所当然。但老年派恐马步芳一登台，自己必遭排挤，且以马步芳还没有兼任省政府委员，按例不能任省政府主席。在开省务会议时，秘书长黎丹及厅长王玉堂、杨希尧和魏敷滋，一致主张由省政府委员兼建设厅长马麟继任，并电请中央正式任命，马麟遂获中央任命为青海省政府主席。马步芳因未得到主席职位，对老年派深怀不满，时时寻机报复。如黎丹的秘书朱炳，时任西宁县长，马步芳派传令兵蹲在县政府日夜催提军费，朱炳无法应付，由黎丹引见马步芳，朱跪求缓期，始得宽容时日。再如王玉堂的科员王省三，因书信中有马步芳毒害人民之语，遂遭暗杀，省政府人员无不畏惧。同时，马步芳与马麟的隔阂也日益加深。