马麟由兰州返青后，冯玉祥以代理甘肃省政府主席王祯，毫无建白，遂改任马鸿宾为主席。马氏首先整顿吏治，想见好于冯氏。凡任用县长、局长须由考试及格者照考列先后、次第录用。在考试时，马氏亲自口试。但当时甘肃为军阀割据，政令所及，不过兰州附近各县而已。马鸿宾所带驻兰部队，只有其子马立清的一团。当时新编第八师师长雷中田，以马氏懦弱无能，欲取而代之，遂将马鸿宾拘押，自称总司令兼主席。马立清奔抵西宁，请马麟前往营救，马麟遂带随从人员起行，住于距兰70里的寒水堡，当派青海省教育厅厅长杨希尧等持函会见雷中田，雷要求马麟到兰面商一切，马麟回函说：“要我亲自来兰，我要带六百骑兵进城。”雷拒绝不许。当时甘肃省教育厅厅长李克明、财政厅厅长赵晚江附和雷氏，主张不接受马麟的调停，也不释放马鸿宾，马鸿宾的部下与城防司令高振邦密商，暗杀赵晚江于甘肃省银行门前。马麟以调停无效，遂取道河州、循化一带转回西宁。后来北洋军阀吴佩孚到兰，从中关说，始将马鸿宾释放。

     马麟离开兰州时，以甘肃骑兵第一师系甘肃省防部队，不便归青海统辖，乃与甘省府协商决定，将该师加以整编和训练后调往凉州驻防。部队大部移驻永登古浪一带听候调遣，这时蒋冯中原混战结束，冯军在河南失败，开入山西，前由冯从青海调出去参战的马步青骑兵一团亦退驻榆次，马本人逃往北平，将残部交参谋长曾国佐代行管带。这时马步芳趁机以马麟身任青海主席不能兼顾军务为名，商请马麟辞去原任甘肃骑兵第一师师长职务，电召马步青及其残部来青，任其为甘肃骑兵第一师师长，并将该师扩编为３个旅，以马虎臣、马禄和马廷祥分任旅长。1931年冬，马步芳调回驻凉州的旅长马驯，由马步青到凉州接防。这也就是骑兵第五军的前身。

     马麟任青海省政府主席后，财政极形紊乱，计全省每年收入约300万元，其中军费约占百分之八十，政费及其它临时费仅占百分之二十。所有征收之款，多直接交给马步芳，马麟所得者只有大梁、鄂博等地开采金矿的课税。当魏敷滋继魏敷泽接任财政厅长时，遂提议发行省钞，解决困难，即在省务会议上决定印发纸币数目为200万元，委魏敷滋负责印制。其间又超额偷印两次，其数目究竟多少不能明了。省钞发行之初，信用尚好，每票１张定为1元，未制辅币，以铜元补充。其后纸币充斥，通货膨胀，各商店拒不使用，省府无法维持，于1937年3月开省务会议，决定以银元2角兑收省钞1元。兑换地点在西宁大新街的一个商店，兑换期为3月某日，是日持票来兑者，男女老少，拥挤满街，有咒骂者，有悲痛者，也有将省钞抱至城隍庙焚烧者。这些人多系市民中的小商小贩及贫苦农民。马麟听人报告，只付之一笑，真所谓“笑骂由他笑骂，好官我自为之。”

     马麟到任后，正值马步芳扩充军队，购买枪枝，军费逐年增加，以致财政奇绌，民困日深。当由省府呈请国民党中央予以接济，并派青海省政府秘书长谭克敏，前往南京会见军政部长何应钦。何在蒋介石前代为关说，每月准发给政费20万元。但马麟将10个月的政费，暗运癿藏私宅，因此，当时人把癿藏改称“白藏”。各机关每月只发办公费。职员们因生活极感困难，有改业者，有私营买卖者，年老之人无法生活，只好听天由命，在家困毙。

     1936年3月，马麟电请蒋介石给假1年赴麦加朝觐，马麟起行之前给马步芳说：“我这次经过南京，一定向蒋辞职，保荐你担任省政。”马步芳甚为高兴，集合各厅、处、局长，及各师旅长饯送于乐家湾。国民党中央电令马步芳代理青海省政府主席。马步芳就职后，对省政略事变动，并许按月照发各机关、各学校职教人员薪资，增加教育经费，其实是为了使大家拥护自己，不让马麟返回青海。马麟朝觐回国后，经过南京，见蒋介石面陈年老无能，情愿辞职之意，经蒋挽留，遂打消辞意，返回河州，住癿藏家中，等待马步芳派员欢迎，但马步芳置之不理，乃大失所望。马步芳以马麟没有坚决辞职，自食诺言，遂以各厅长名义，去电索要10个月欠薪，马麟并未答复。马步芳乃派财政厅长魏敷泽前往癿藏，阻挡马麟不要来青，如肯辞职，即有任何条件都可接受。魏到癿藏后，窥探马麟态度，并无辞职之意，不敢深切交谈，便返回西宁。未几，马麟到了青海，马步芳大为愤怒，见面时除寒暄而外未谈及任何问题，遂给马麟办理交代，马麟仍接本职，从此双方矛盾日益尖锐。不久，马步芳秘密发动索薪运动，于1937年7月，命各中小学职教人员百余人，同赴马麟住宅请发积欠薪资，马麟派其子马步荣接见，各职教人员纷纷嚷闹要见马麟，马步荣不许见面，双方争执时，马步荣掏出手枪击伤教员李育才，教职人员一看马步荣开枪行凶，遂逃奔四散。事后马步芳对各校长夸奖备至。第二日由财政厅长魏敷泽从中调停，许发两月薪资，此事遂告结束。后来马麟派副官某驮运皮张数驮，行至小北门，马步芳暗示税卡卡长挡住征税，副官拒不纳税，两下争吵打架，终被挡回。又有一次马步芳派其兵士于夜间潜入马麟住宅，偷盗财物，警察不敢追究，马步芳说：“当一个主席，连自己的家都管不住，还管什么省政呢?”诸如此类的事情，发生很多。马麟放弃兵权，固然要受到马步芳的劫持。但马麟本人，昏庸老悖，除了爱财如命，妄想搜刮外，对政治常标榜“保境安民”四字，以为一动不如一静，因之当主席几年，不但毫无建白，而且民穷财尽，死气沉沉，自然要遭到狡猾的侄子马步芳的篡夺。