640年来，纳家营清真寺几经扩建，至2001年再次扩建以前，占地面积约有l公顷左右，建筑面积约6000平方米，其中古寺部分约3000平方米。清真寺大门口叫“官心门前”，门头上的大理石上落着“清真寺”三个大字。登八节台阶进入寺门，西行20多米处是横跨在路上的三大间古木楼房——“二厅楼”，楼前挂有蓝底金字匾额，曰“维天之命”。拾级穿楼而入是一大庭院，“叫拜楼”拔地而起，这座中国古典式的塔楼底层三间，上面为两间钟楼式塔亭建筑，顶层呈六角亭型。“叫拜楼”每天响起五次悠扬悦耳的钟声、宣礼声，已构成了全村回族群众精神生活中不可缺少的部分，也成为了附近几个村庄回汉人民的记时钟。

登石阶而上，便可到达全寺的中心建筑——礼拜大殿。礼拜大殿建筑面积1222平方米，为中国古典宫殿式建筑形式，由前殿、中殿、后殿三部分组成。前殿为中式古典土木建筑，五间三进深共216平方米，雕梁画栋，造型精致，尤以十几扇精雕细琢的大格子门最为珍贵；中殿为1975年所扩建的钢筋混凝土结构现代建筑；后殿扩建于改革开放初期的1984年，为两楼一底钢混建筑，顶层建有阿拉伯式绿色圆顶和望月楼，五道大方的拱门与中殿连接起来。新老大殿三部分合为一体，中西合璧，古朴典雅，新颖大方。

2001年清真寺集资新建，并增加多项附属工程，历经四年，建成新礼拜大殿，四层楼，四座塔，一穹顶，塔高72.4米，总建筑面积一万余平方米。二楼为礼拜大厅，可同时容纳3000人礼拜，是云南省目前最大的清真寺之一。