东关清真大寺始建于公元1380年左右的明洪武年间，在青海省内规模最大，历史悠久，与西北地区著名的西安化觉寺、兰州桥门寺、新疆喀什艾提卡尔清真寺并称为西北四大清真寺。据现存寺内的《重建西宁大寺碑记》（1914年5月立）和《重建西宁东关大寺碑记》（1948年8月立）两块碑文记载，可以看出这座大寺已经具有五百多年的历史。

　　洪武年间，明太祖朱元璋分封铺佐他开国有功的回族将领沐英为西平侯，镇守今甘青地区。当时明王朝通过屯兵、移民等一系列实边措施，居住西宁的穆斯林居民日渐增多。为了适应广大穆斯林宗教生活的需要，沐英应回族上层及宗教人士的请求，并奏请朝廷允准，在回族聚居的东关地区动工修建清真寺。不久，一座占地面积达2.8万平方米，修有两千余平方米的大殿，两个宣礼塔、一座碑亭院及一些辅助建筑物的清真大寺，在今西宁东关大街拔地而起。

　　至清咸丰、同治年间，西宁等地的回民先后加入到全国反清大起义的行列之中，西宁遂成为这一带回族撒拉族起义军的大本营。同治十二年，左宗棠率军队进行镇压，东关大寺及所藏石碑、圣旨等文物均毁于一旦。光绪二十一年（公元1895年），河湟地区又发生了震惊清王朝的“河湟事件”，西宁东关清真大寺的命运正如《碑记》所言：“屡经兵燹，其地遂废”，“后来屡议兴复，卒以不得地基而止”。

　　辛亥革命以后，甘肃河州（今临夏）的马麒任甘边宁海镇守使。他到任不久即于民国2年5月，亲自“捐资为倡”，募集白银万两，重新在被毁的废墟上动工修建清真大寺。一年后，一座初具规模的大寺又告建成，计建有：大殿5间，宣礼塔三层，东厅五间，北厅九间，南厅浴室三间，寺门三间，还有厨房，餐厅等。

　　西宁东关清真大寺占地总面积为13602平方米，建筑物雄伟壮观，具有中国古老的建筑艺术和伊斯兰教特色。大寺的原正门，即“前三门”，座南朝北，是一大两小的绿色西式大门，高十米，宽为十五米，门顶横幅匾额上镶有金光闪闪的“西宁东关清真大寺”八个大字（前三门现处在清真大寺临街楼房之前）。

　　 今天，这里有阿訇进修班的学员和临时设在这里的青海省伊斯兰教经学院学生在学习；每逢五个时辰的礼拜及主麻尔日，有成千的穆斯林来这里礼拜、祈祷；尤其每到一年一度的尔的节和古尔拜节，数万名穆斯林来寺参加会礼。

　　1997年西宁市政府决定对其改造，并于1998年5月14日举行改建工程开工典礼。在重门前修正门三层主楼一幢，与原中五门、大殿处同一中轴线，正门主楼下设五圆拱门，楼顶两侧各建一高达45米的圆拱顶式宣礼塔，楼底设地下停车场；主楼临街一侧为六层商贸综合大楼；南侧建五层楼，作为寺管委会办公室、会客室、宿舍、教室、餐厅等。全部工程采用钢筋混凝建筑结构，建筑面积12370平方米；工程总造价1300万元。1999年11月12日，改造工程全面竣工，清真大寺成为青海省著名的旅游观光景点之一。

中五门（重门）

　　进了“前三门”，约三十多米处，在数十阶花岗石的台墩上耸立着五个平顶拱形门，称为“中五门”，高近十米，宽为二十一米。九八年清真大寺改建时，于“中五门”前修了带有新正门的三层主楼一幢，与原中五门、大殿处同一中轴线，正门主楼下设五圆拱门，楼顶两侧各建一高达45米的圆拱顶式宣礼塔，楼底设地下停车场；主楼临街一侧为六层商贸综合大楼，南侧建五层楼，作为寺管委会办公室、会客室、宿舍、教室、餐厅等。

宣礼塔

　　“中五门”南北两侧矗立着两座宣礼塔，行人顺石台阶拾级而上，只见重门和宣礼塔碑壁上规则而又清晰地分布着嵌铁字图案（象征吉祥福寿长久），给人一种强烈的艺术感染。再步入重门，展现在眼前的是一方整齐清净的大青砖场地，每到此地，人们都觉得置身于清净的殿堂了。南北是两座老式木楼，北楼为接待室、藏经室、会议室等，南楼为阿訇进修班教室、学员宿舍、教研室等。南楼背面为男女沐浴室和殡葬室。两楼中间是面积为4490平方米的大院。大院西面，是座落在石基之上的礼拜大殿。俗称“凤凰单展翅”的大殿面积为1136平方米，以及殿顶端具有中国传统文化的“明脊暗卷”式古老宫殿的建筑风格，给人留下古老苍劲的印象。其外形砖木结构，外壁全用大青砖砌成，坚实牢固，饱经风霜，完好无损。前廊两侧各种图案精雕细刻，殿脊中心竖有三个金黄色经筒，灿烂夺目。殿门两侧是砖制九扇屏，上面是精巧的花草砖雕图，其工艺至今看来仍然是融古朴庄重、典雅清秀于一炉的艺术珍品。殿堂门口及殿堂里面的地面皆铺以木板，更增添了几分庄重和朴素。

大殿

　　寺院的整体布局以前门、重门、大殿特殊的双重门次第而进，所以显出三门端正、持重，五门挺秀，宣礼塔拔地高耸，两厢楼挺秀屹立。大殿更以凝重、庄严、端庄、古朴为特点，为寺院增添一种肃穆的气氛。立于大殿殿脊中央的三个镏金经筒和宣礼塔六角顶上安装的两个镏金经筒，遥遥相对，相映成辉，在整体建筑群的碧绿色琉璃瓦的映衬下，越发显出独有的气韵，有如天造地设一般。中午，在和煦阳光的照射下，更能显出迷人的景色，使人留连忘返。

　　大殿门廊上原有很多匾额和对联，都曾是伊斯兰文化的真实记载，只可惜在十年动乱时毁于一旦。历史上，东关清真大寺历来是经堂教育的场所。不仅在西宁，而且西北乃至豫、皖、湘、鄂、川、滇、粤、沪等地都受了它的影响。马万福自1916年来到西宁后，即以“尊经革俗”、“凭经立教”为宗旨，尽生平学识，致力于讲学，使得伊斯兰教影响逐步扩大，宗教上层人士如古铭瑞等许多哈智也纷纷改宗伊赫瓦尼，于是，伊赫瓦尼教派迅速发展。以后此派在全国许多省区都有广泛的传播，在该派所开展的经堂教育中，除传授阿拉伯文以外，还授以汉语文，这对于提高回族的文化素养以及增进民族之间的互相了解，加强民族团结都起了非常积极的作用。在马万福个人的不懈努力及马麒、马步芳的支持下，伊赫瓦尼得到长足发展，从而建立了西宁东关清真大寺在全省及邻近地区的海乙寺地位。并以海乙寺作为最重要的讲坛，通过四方开学讲经和各寺普遍举办经堂教育，培养和造就了一大批伊赫瓦尼的后继人才。