据说回族刚进入昌都时，由于人数少未能建立起一个独立的伊斯兰教活动场所，人们见面时只能互相致意。随着回族人数逐渐增加和经济能力的提高，清代中、后期昌都回族集资修建了汉宫式的礼拜堂，当时昌都回族中由于陕西后裔占多数，礼拜堂门上挂起“陕西回馆”金字木牌。陕西回馆既是回族穆斯林礼拜的场所，也是陕西同乡的文化娱乐活动中心。

　　陕西回馆的修建，标志着伊斯兰教在昌都开始扎根，当时昌都地方政府也没有明确反对修建伊斯兰教教堂。清朝时修建了昌都清真寺，建寺过程中驻防昌都的清军中有许多信仰伊斯兰教者给予了捐助。昌都清真寺修建之后，原有的“陕西回馆”不再作为礼拜堂，成了陕西籍回汉人的联谊馆，故改名为“陕西会馆”。昌都清真寺的建筑面积为２７００余平方米，其中殿堂占地３００余平方米，采用了中国传统的四合院建筑形式。寺周围布置了礼拜大殿、学房、阿訇住房、沐浴间、厨房、客房、月台和屠场等建筑群，大殿的门上悬挂着蓝底金字大匾。据说康熙五十八年间，皇帝赐封帕巴拉为呼图克图时，也御书赐给昌都清真寺。

　　昌都回族穆斯林举行开斋节之外，还过伊斯兰教的传统节日“宰牲节”或称“古尔邦”。这天昌都穆斯林男男女女，净身新装，到清真寺去进行礼拜活动，礼拜之后聚餐。节期清真寺统一宰羊，最后每家分送油香和羊肉。到了八月份，伊斯兰教的圣纪节，恰逢昌都地区传统的郊游季节，入乡随俗，昌都回族把伊斯兰教圣纪节和昌都郊游结合起来，形成了地方特色的昌都穆斯林圣纪郊游节。这天所有的昌都回族穆斯林到北郊的穆斯林祖地“爸爸坟墓”园里，“爸爸”是昌都清真寺的创建人，也是昌都清真寺第一任阿訇之墓，昌都回族把他视同自己的爸爸一样敬重。这天穆斯林信徒在坟园里搭起帐篷，宰牛宰羊，赞圣拜谒陵墓，朝夕焚香，晨昏祝颂，缅怀祖先，诵经三天。圣纪节期间外来任何回族都可以参加这一宗教活动。昌都回族穆斯林世代生活在藏区，举行的伊斯兰教宗教活动，不可避免地受一些当地的习俗的影响，如遇到伊斯兰教节庆时家里点酥油灯，清真寺大门口建有如佛教寺一样的高大香炉，天天早上虔诚的穆斯林妇女焚烧柏枝祭真主。