进入近代以后，伊斯兰教适应历史发展的要求，在内地和新疆都发生了一些新变化，主要表现在：
　　
      1．为反抗清朝的阶级压迫和民族歧视，中国穆斯林同全国人民一起，进行了多次反压迫起义和斗争，其中1856～1874年由杜文秀领导的云南回族穆斯林起义，1862～1877年的西北回族穆斯林起义和1864～1866年库车维吾尔族穆斯林联合回族等穆斯林在乌鲁木齐、伊犁、哈密等地掀起的武装斗争等规模最大，时间最长。西北穆斯林起义在一定意义上是清顺治五年(1648)米喇印、丁国栋领导的“甘州起义”和乾隆四十六年(1781)、四十九年(1784)苏四十三、田五反清起义的继续和发展。这些起义多以伊斯兰教作为斗争的思想旗帜和联络纽带，教坊是起义者最基本的组织形式，有的由阿旬或门宦教主领导，礼拜寺为起义队伍进行斗争的据点。同时，伊斯兰教提倡的“舍希德”(即圣战)精神，鼓舞了他们英勇顽强的斗争意志。这些起义和斗争沉重地打击了清王朝的民族压迫，是近代中国各民族人民反帝、反封建斗争的组成部分。但各次起义均被清朝统治者残酷镇压，致使人口锐减，大批穆斯林或被发配边疆或被迁徙穷山僻壤之地，居住愈来愈分散，生活环境和社会环境更为艰苦，中国穆斯林蒙受厄难。
　　
     2．清末民国初，由于社会矛盾和教派矛盾的发展，甘肃东乡人马万福等阿訇，在“尊经革俗”、“凭经行教”的宗旨下，传播瓦哈比派的宗教主张和经典，在西北的甘肃、青海、宁夏地区创立伊赫瓦尼派，后来传至河南、山东、河北和新疆等地区。这是中国伊斯兰教自明末清初以来继苏菲派传入之后发生的第二次教派分化。经过这两次分化，形成了近代中国伊斯兰教派别格局。至1949年，中国伊斯兰教内部分为格迪目、苏菲主义门宦(包括虎非耶、戛迪林耶、哲赫林耶、库布林耶)、西道堂、伊赫瓦尼派、赛莱菲耶派以及依禅派。中国穆斯林大都属于逊尼派的哈乃斐教法学派。各派别在基本信仰、教义上是相同的，只是在某些教律和修行礼仪细节上有所区别。分布在新疆的塔吉克族穆斯林，在15世纪末至16世纪初，已改宗什叶派伊斯玛仪支派。
　　
     3．从清末民国初年以来，受近代中国民族资产阶级“教育救国”、“科技救国”潮流的影响，一批穆斯林学者、经师如王宽、阿卜杜勒·卡迪尔等，提倡改革宗教教育，实行“经书两通”，创办新式学堂，促进了中国穆斯林寺院经堂教育向现代教育的转化。新式学堂早期有北京牛街清真寺的清真两等小学堂和回文师范学堂(1908)、北平成达师范(1925)、上海伊斯兰师范(1927)、四川万县伊斯兰师范(1928)、云南明德中学(1929)和杭州穆兴中学等。20世纪30年代以后，在全国各地回族穆斯林分布较多的地方，兴办的各类普通小学达四五百所，普通中学和师范专科学校也有二三十所。同时在旧式经堂教育中，课程设置也在逐步改变，普遍增设汉语文、常识等课。在新疆地区，经堂教育由小型分散的私塾形式，发展到专门的宗教学校(麦德莱赛)，在教学形式、讲授内容和管理方式上，颇具该地区民族特色。同时派留学生到埃及爱资哈尔大学及土耳其等伊斯兰国家留学。为发展伊斯兰教育和文化，中国穆斯林的宗教教育及文化社团组织也陆续建立。最早为清末镇江童琮发起成立的“东亚清真教育总会”和留日回族学生组织的“留东清真教育会”。1912年王宽和马邻翼在北京发起组织的“中国回教俱进会”，其支部遍及全国许多省、县。其后，伊斯兰教各种社会团体和学术文化机构日渐增多，学术活动广泛开展。为适应现代社会的发展，振兴民族和伊斯兰文化，许多穆斯林知识分子还在各地创办了许多刊物，并先后抽译、选译和全译出版《古兰经》及其他典籍的汉语译本和维吾尔文译本，从而形成了继明末清初以来中国伊斯兰学术文化研究的新高潮，涌现了一批对《古兰经》学、圣训学、教法学和伊斯兰哲学研究造诣精湛的学者、经师。其中以王宽、王静斋、达浦生、哈德成、马松亭、杨仲明、虎嵩山、杨明远、马良骏、庞士谦、马坚、舍姆斯丁、泰剑立·萨依布等比较著名，他们对中国近现代伊斯兰文化的传播和发展都作出过重要贡献。