明末清初，是中国伊斯兰教发展史上的一个重要历史阶段。由于穆斯林已经非常普遍地使用着汉语文，一些地区穆斯林群众已经不懂《古兰经》的文义了，伊斯兰教在一些地区出现了衰退现象。原来穆斯林中那种以“口传心授”为特点传播伊斯兰教的方式已经不能适应变化了的情况：加之明清统治者对穆斯林采取歧视政策，认为其所信仰的伊斯兰教是“不敬天地，不祈神祉，不奉正朔，不依节序，另定宗主，自岁为年”的邪教，表示要禁绝而后快;一些非穆斯林民众和士大夫因对伊斯兰教不理解，也往往妄加猜忌和排斥。基于这些内外原因，东南沿海等地的穆斯林学者从维护伊斯兰教以及自己民族生存的实际出发，相继开展了汉文译著伊斯兰教经籍的活动。他们群起著书立说，阐述和宣传伊斯兰教义，“以儒诠经”，通过吸收、改造儒家传统中的思想资料来阐释伊斯兰教的内涵，并回答伊斯兰教在中国发展过程中提出的理论和实践问题，掀起了一个影响深广的伊斯兰文化复兴运动，打破了千百年来中国伊斯兰教“孤芳自赏”的保守状态。这一运动一直持续到清代咸丰、同治年间，其间出现了一大批代表人物和代表作品：如张中的《归真总义》，王岱舆的《清真大学》、《正教真诠》、《希真正答》，伍遵契的《归真要道》、《修真蒙引》，刘智的《天方性理》、《天方典礼》、 《天方至圣实录》，马注的《清真指南》，蓝煦的《天方正学》，马德新的《宝命真经直解》、《四典要会》、《大化总归》、《性命宗旨》、《天理命运说》等。明清时期江南和云南等地的这些穆斯林学者，由于自身所处的独特时空背景和特殊的个人经历及其学术渊源、文化气质等诸多内在和外在的因素结合在一起，使其恰好具备了学贯中伊、融会贯通、推陈出新的条件和能力。这些穆斯林学者大多通晓儒、佛、道学说，被称为“中阿兼通”，“怀西方(指伊斯兰教)之学问，习东土之儒书”的“回儒”，甚至是儒、释、道、伊斯兰“四教兼通”的宗教学者。他们将“天方经语略以汉字译之，并注释其义焉，证集儒书所云，俾得互相理会，知回、儒两教道本同源，初无二理。”

　　(一)中国穆斯林学者从中国传统文化中大量吸收与改造了包括儒、道、佛各家在内概念、范畴，来阐释、表述伊斯兰精神

　　王岱舆在《正教真诠》一书中就借用了诸如真一、元始、普慈、真赐、五常、真忠、至孝、参悟、前定、今世、后世等来阐述伊斯兰信仰的基础。他引用佛学“寂灭空无”的出世思想，又结合儒家学说中有关积极进取的观念，宣扬伊斯兰教既有对天国的超越向往，又有对尘世的实际投入，主张穆斯林应该“学行本重，知必行，行益知”。蓝煦在其《天方正学》吸收《周易》、《中庸》和道家著作中的真人、灵光、乾元、清浊、运光、黄道等概念来解释伊斯兰教的道统、认主独一和性命之说。此外，这些学者还更多地运用中国传统文化中的“真”、“道”、“一”等基本概念，阐述伊斯兰教的基本理论。特别是“一”，在中国传统哲学中很早就被作为一个哲学范畴，儒道都十分重视，如老子的“道生一，一生二，二生三，三生万物”、孔子的“吾道一以贯之”等。汉文伊斯兰著作中为论证信仰独一，也特别重视这个概念，称“正教贵一”、“认主独一”、“真主独一”等，如刘智在《天方典礼·真宰》中就指出“理会得一为一”，“经义通篇，只以一字贯之”。

　　(二)王岱舆吸收、改造了“无极”、“太极”和“一”的学说，提出了“真一”、“数一”、“体一”的“宇宙起源论”。

　　王岱舆借鉴并超越中国哲学的某些概念和范畴，结合伊斯兰教的认主学理论，提出了自己的一套认识论学说——“三一”论，即“真一”、“数一”、“体一”。根据他的解释，“真一”乃造化天地万物之真主;“数一”表示天地万物之原始;“体一”是指人类如何去体认真主。对三者的关系，他阐述道：“真一乃单另之一，非数之一也。数之一非独一也。日太极生两仪，两仪生四象，数之一也;日一本万殊，万法归一、，亦数之一也;日无名天地之始，有名万物之母，亦数之一也。以是观之，诸所谓一，乃天地万物之一粒种子，并是数一。数一乃天地万物之种;真一乃数一之主也。”“体认之一，乃天地万物之果也。”这样就既坚持了伊斯兰教的信仰基础，同时又吸收、改造了儒家思想，从而形成了独具特色的宇宙起源论。

　　(三)刘智认为“太极”、“无极”、“道”之前的“无称”才是先天世界的总根源。

　　刘智认为，物质世界(后天)之前还有一个先天世界，这个先天世界的本原被他概括为“无称”。刘智承认《易经》中的“太极”、周敦颐的“无极”和老子的“道”为这个物质世界的总根源;但他认为“无称”是先天世界的总根源，他把伊斯兰教的创世论与中国古代的开天辟地说有机地结合起来，完成了二者的巧妙衔接。一方面，刘智赞同周敦颐“无极而太极”，“太极本无极”的学说;另一方面，他又向前迈出一大步，认为世界的本原还不止于此，仍可向深度追究。他认定在太极和无极之先还有一个无称而称的，“无对待而立”的“造化之原主”，这便是“真”，或“真宰”，是生成宇宙万物的总根源。

　　(四)中国穆斯林学者根据《古兰经》和《圣训》，结合儒家“三纲五常”的伦理道德观念并对之有所创新，提出了“五典”说。