这一时期，回回除主要参加农业生产外，还有相当数量的人从事手工业生产。其原因是：蒙古统治阶级比较重视各类工匠。在西征国，对工匠多是俘而不杀，把他们挑选出来迁徙到东方，从事军需品和日用品的生产；战争停止后又采取拘括办法，把各族工匠集中起来进行手工业生产。东迁的回回工匠，在数量上当然要比签发的回回军士少，但总数也相当可观。回回工匠到中国后，许多人被编入元朝政府及诸王贵族所属的官手工业局，从事建筑、纺织、武器、皮革、制毡、金银器皿及酿造等业的劳作，也有的被分配给后妃、勋戚为奴，作为私属人口，称之为“怯恰口”，专为领主服役。

《元史·哈散纳传》记载，窝阔台汗即位后，哈散纳统率阿儿浑军，并回回人匠三千户，驻于寻麻干（在令河北张家口），设局织造名曰“纳失失”（波斯文Nasij的译文）的丝织品，同时还在弘州（今河北阳原）设纳失失局，领有西域织绮纹工三百余户，教习从中原各地签括来的各族工匠织造纳失失。纳失失是西锦的一种，嵌有金线和珍珠，颜色鲜艳，样式新颖，被视为珍品，是元朝宫庭皇室缝制宴礼服“只孙服”的必需原料。元初，官手工业局工部系统，专设有撒答刺欺提举司，由回回人扎马刺丁率领工匠织造撒答刺欺。撒答刺欺同为西锦的一种，多用犬、兔之毛仿西域丝织品而成，极为精美。回回工匠也擅长织造毡制品，从大德二年（1298年）到泰定五年（1328年）的30年间，诸路诸色人匠总管府为上都皇室宫殿、斡耳朵、皇帝影堂织造的地毯有13种之多。其中“回回剪绒毡”被列为上等品。

兵器业生产中，回回占有特殊地位，如“回回炮”的制造和使用就仰仗回回人。元朝政府非常重视回回军匠和炮手的训练，还专门设立官署即回回炮手总管府领其事。至元十六年（1279年），调集两淮造回回炮的新附军六百人及蒙古、回回、汉、新附人能造炮者至大都，设置回回炮手都元帅府，后来又改为回回炮手军匠上万户府，正三品。至正三年（ 1321年），又追回回炮手赴汝宁（今河南汝南县）、新蔡（今河南新蔡）教习炮法。明初，大将徐达攻苏州城时仍沿用回回炮，说明这种炮在元代是大量制造的。

回回工匠对漠北城市及宫庭建筑也有突出贡献。窝阔台汗时期，建造以万安阁为中心的和林城（亦称“哈刺和林”，故址在今蒙古国鄂尔浑河上游哈尔和林），就有不少回回工匠参加其事。据目击者法国使臣卢布鲁克所记，当年的和林城是一个宏伟壮观的建筑群。城内除富丽的宫殿外，还建造了许多官邸、仓库；并建有两个市区，一为回回市区，一为汉人市区，是商人、手工业者聚居营造之地，有各种宗教建筑，其中有回回礼拜寺两座。①和林城的建筑役使各族工匠一千五百多人，历时十余年，其中回回工匠五百多人。另外，窝阔台还役使回回工匠又在和林以北的迦坚茶寒湖建造另一宫殿，名曰扫邻城，作为春猎行宫；在和林城南建图苏湖城（迎驾殿），是从冬营之地翁金河返回和林的驻跸之地。蒙哥汗时代，忽必烈受命漠南汉地军国遮事，在桓州东滦水北修筑城廓宫室，名曰开平（今内蒙古正蓝旗东），成为后来元朝的陪都。开平城建筑可谓荟萃了当时国内各民族建筑艺术的精华，规模宏大、雄伟。外城街市区的回回街，是从事建筑的回回工匠或商人的聚居之地，区内回回寺是他们聚礼等宗教活动的场所。

对元朝大都的建设，回回人的贡献尤为突出。回回著名的建筑家也黑迭儿丁（？－1312年），是元大都宫殿和宫城的设计者和工程组织者。他在中统四年（1263年），奏请修琼华岛（今北京北海公园前身），经过三年时间，琼华岛广寒宫竣工。至元三年（1266年），也黑迭儿丁被任命为迭儿局诸色人匠总管府达鲁花赤兼领监宫殿，同张柔、段天佑同行工部事，负责修建宫城。也黑迭儿丁对大都宫殿建筑群做出了整体的规划，诸如皇帝和百官理政的宫殿、祭奠用的亲堂、嫔妃起居游赏的楼阁、园林池塘，以及宿卫、掌衣食具车马等侍臣的居住之室等，都-一筹划在内。也黑迭儿丁领导和设计的元大都宫阙的建筑工程，对明清北京故宫和整个北京的城市建筑和发展，都发挥了积极的影响。也黑迭儿丁是阿拉伯人，当时阿拉伯工匠艺人迁入中国的不少，他们以“户饶良匠”见称，是和林、上都和大都建筑的主要参加者之一。    这一时期与官手工业并存的是和个体农业经济相结合的家庭手工业。这种手工业生产应该说遍及回回人聚居区，主要是为满足农业生产的需要，制作一些农业生产的工具、日常生活用品。与此同时，从事畜牧业经营者也制作简单的牧业生产工具，有的从事皮毛制品。总的来说，这一时期回回的家庭手工业，在官手工业的影响下还是有一定的发展。