蒙古军三次西征后，黑海以东葱岭以西的信仰伊斯兰教的各民族都臣属蒙古。每次胜利后，蒙古统治者都将大批阿拉伯人、波斯人和中亚各族人迁徙到东方，他们中有被签发的军士、工匠，被俘掠的妇孺百姓，还有携带家属部族归附的上层人士，和东来经商的商贾。这些人在元代官方文书中称作“回回”。在当时种类繁多，名目不一的色目人中，以回回人为最多，因而有时也用回回人代称色目人。如花剌子模都城玉龙赤杰之役，就有10万工匠迁徙东方，撒麻耳干城之役被俘工匠3万人，还签发3万青壮年从军。因此《世界征服者史》一书指出：“今天，许多真主的信徒已经朝那边迈步，抵达极遥远的东方国家，定居下来，在那里成家，以致多不胜数”。东来的回回人，后来不仅成为中国穆斯林少数民族形成的主要来源，而且也是伊斯兰教在中国得以发展的重要社会基础。因为有了回回人，才使中国穆斯林人数激增，从而使伊斯兰教由在蕃客内部父传子继而走向社会，成为一种独立的宗教信仰。

　　东来的回回军士被编入“回回军”、“西域亲军”及“探马赤军”中，参加统一中国的战争。有的平时分军屯戌，战时抽调作战。如大量编入“探马赤军”的回回军士就被作为蒙古军的前锋和驻戌守卫。元朝建立后，自1273年始，探马赤军就地入社，“与编民等”，即编入户籍另为一类人，称作回回户，转入屯垦牧养的经济生活。有的取得普通农民的身份，有的仍作为屯戌的军户。回回军士农垦的地区，当时散处西北、西南和中原各地。其中宁夏、陕西、甘肃等地是主要地区。据《元史》记载，1288年，元世祖命回回人“忽撒马丁为管领甘肃、陕西等处“屯田等户达鲁花赤，督斡端，可失合儿工匠千五十户屯田”。《甘宁青史略》也记载，1291年，“以甘肃旷土赐回回昔宝赤·合散等俾耕种之”。合散曾任甘肃行省参知政事，替他耕种的想必是回回军士等。今河南、山东一带，元代也有较多的回回屯田。在云南，屯聚牧养的回回人和当地各族人民共同兴修水利灌溉系统。元代聚居江南的回回也不在少数，仅1260年就迁徙甘肃凉州寄居回回于江南各卫。上述被签发的回回军士对元代农垦事业的发展和西北、西南的开发作出了贡献，但他们绝大部分没有家眷随行，在各地留居后，与当地汉、蒙、维吾尔等族居民通婚繁衍，成为中国回族穆斯林民族的主要来源之一。

　　东来的回回工匠大多从事纺织、建筑、武器、造纸、金玉器皿行业，他们的迁入，促进了元代手工业的进步。回回人生产的织金棉缎“纳失失”是蒙古贵族做礼服的主要原料，为此在荨麻林（今河北张家口市西洗马林）设立织造“纳失失”的匠局，安置以撒马耳干人为主的3000户回回工匠。另外在弘州（今河北阳原）也设置“纳失失”局，内有西域来的300余户工匠，向中原的工匠传授织造技术。此外，回回炮匠阿老瓦丁、亦思马因所造回回炮（抛石机）能发射150斤重的巨石，元朝政府特设回回炮手军匠万户府，向汉人教授回回炮制造技术。回回商人在蒙古兴起以前就联袂结队来往于蒙古高原与西域、中原各地，控制着游牧区与农业地区之间的贸易。由于蒙古西征后交通便利，以及可以享受优惠政策，促使回回商人大批前来中国经商。上述回回工匠与商人，也有不少在当地与汉族等通婚生子，繁衍后代，他们和入仕中国的一些回回上层人物，同样成为中国回族穆斯林的来源之一。

　　为了扩大海外影响和加强东西方各国的联系，元朝统治者十分重视发展对外海上交通。元代的海上交通不仅是宋代海上交通的恢复，而且有更大发展。元初波斯湾一线的通航，主要是为了加强和伊儿汗国的联系。因为从蒙古帝国中分裂出来的伊儿汗国，曾和元朝保持了一定的隶属关系，彼此十分友好。元朝为了加强与阿拉伯人之间的交往，还发展了阿拉伯海、红海航线，并由阿拉伯进一步沟通了中国和地中海以及东非之间的联系。1258年阿拔斯王朝灭亡后，阿拉伯人的政治、经济、文化中心便从巴格达移到了埃及的开罗。离开罗不远，位于地中海南岸的亚历山大港，与当时中国的泉州，同样是具有世界性意义的东西方两大海港。元朝的丝绸和陶瓷等商品，不少是从泉州港出海后，经过印度洋及红海到亚历山大港，再从该港输送到欧洲和非洲各地。当时阿拉伯人在海上的势力虽已削弱，但他们仍保持了在印度洋以西的阿拉伯海和红海海上的势力，并在沟通东西方的经济交流中心继续发挥重要作用。因此元代时期阿拉伯商人和波斯商人一样，继续来中国从事海外贸易并有相当部分人定居下来。元代时期的泉州以“民夷杂处”著称，穆斯林商人在此安家落户，死后亦埋葬于泉州。元代广州地区的阿拉伯商人在广州建立的清真寺即有3所之多。元代庆元（宁波）的“下蕃滩码头”是进口货物汇聚处，占城人和阿拉伯人侨居庆元的不少，至元年间，在庆元灵桥南建立有回回堂。元代通过上述海上丝绸之路来到中国沿海港口城市定居的穆斯林，和唐宋时代留存下来的“蕃客”后代一起，也成为日后中国回族穆斯林的重要来源之一。