乌鲁木齐回族历史可上溯至元代。13世纪末叶，元朝政府派来“探马赤军”（主要是回回士兵）戍边驻防。元至元十年（公元1273年），元朝政府下令将探马赤军“随地入社，与编民等”垦荒屯田。回族大量迁入乌鲁木齐，始于清朝乾隆二十年（公元1755年）平定准噶尔叛乱以后。清乾隆二十七年（公元1762年），清军在乌鲁木齐地区修筑城堡，驻兵屯田，随军服役的回族士兵也被分拨到各个屯垦区。之后，清政府又从陕甘各地调绿营兵来此屯垦，鼓励士兵携带家口耕作。不久，绿营兵屯全改为携眷永住，许多回族士兵与其家属遂落籍乌鲁木齐。

　　清政府在实行“屯兵戍边”的同时，又实行了“移民实边”政策。乾隆三十二年（公元1767年），甘肃河州（今临夏）一带迁居到乌鲁木齐的回民达500户。在以后的嘉庆、道光、咸丰各朝，继续向乌鲁木齐移民和发配钦犯，其中的回族人大都落籍于乌鲁木齐，加上生齿繁衍，使乌鲁木齐在当时成为较大的回族聚居区。

　　清光绪初年（公元1875年），随陕西回民领袖白彦虎逃奔进疆的一批回民，一部分流落在乌鲁木齐及附近各县定居。新疆建省后，与内地的联系进一步加强，又有大批陕甘等省回族人民陆续迁来乌鲁木齐定居。

　　清光绪二十一年（公元1895年），甘肃、青海一带的回族、撒拉族反清起义失败后，又有大批回民拖家带口逃入新疆，一部分流人乌鲁木齐定居．民国年间，陕甘宁各地回族因天灾人祸，民不聊生，相率西行，有的到乌鲁木齐谋生。民国23年（1934年），马仲英率领的约上万名回族士兵，被盛世才军击溃，许多人也流落在乌鲁木齐。解放前久，马呈祥带来的国民党骑5军中的部分回族士兵也流散在乌鲁木齐。

　　乌鲁木齐回族历近200多年的荣辱兴衰，至解放初人口仅次干汉族，在各民族人口中占第2位。回族在乌鲁木齐地区的人口现有131 540人，是清代以来由内地、特别是陕甘宁各省、区迁入的，主要分布在乌鲁木齐县及天山区，其它各区都有分布。乌鲁木齐回族历史是与乌鲁木齐历史紧密相连的，他们世代生活在这片士地上，居住郊区的回族多从事农牧业生产，市区回族从事各种行业的工作，尤其以饮食业和摊贩业为多。

　　回族迁居乌鲁木齐的历史情况，从今天乌鲁木齐的一些地名及清真寺命名仍能反映出来。如“宁夏湾”是因乾隆三十年（公元1765年）前后，宁夏府所属海原、西吉一带遭水灾，有2个回族村庄250多人迁移聚居在这一带而得名；“山西巷”得名于清光绪年间山西回族驼商运货来疆集居于此；“固原巷”是因民国年间宁夏固原回族陆续迁来落籍于此而称名。其他移居乌鲁木齐而仍以其原籍命名的清真寺至今亦随处可见。

　　乌鲁木齐回族清真寺的命名大致有以下几种：1．以国内省、县的名称命名的清真寺，如陕西大寺、青海寺、凤翔寺、汾州寺、固原寺、河州寺、肃州寺、兰平坊。2．以新疆地、县的名称命名的清真寺，如巴里坤寺。3．以街巷的名称命名的清真寺，如头道巷寺、山西巷寺、宽巷寺、宁固寺。4．以一些象征性的名词和方位命名的清真寺，如东坊寺、南大寺、西大寺、北坊寺、老坊寺、坑坑寺、河坝沿寺、西大桥寺、城内坊。