哈瓦利吉派的政治军事活动失败，但其教义思想引起了神学争论。该派认为，行为是信仰的基本条件，犯大罪者就不是穆斯林，应视为背教。伊拉克圣训学家哈桑．巴土里认为犯大罪者只是罪人，仍不失为信士。他的学生瓦绥勒．本．阿塔和欧麦尔．本．俄拜德认为其地位居于信与不信者之间，二人离师，另创穆阿太齐赖派。另一些人提出到世界末日时由真主去判断，称为穆尔吉亚派（意为推迟派）穆阿韦叶是倭马亚朝第一任哈里发，他将传统哈里发制度改为世袭制。

      在神学争论中最有建树和发展的是穆阿太齐赖派。早期穆斯林曾接受赏善罚恶取决于真主的信条。宿命论派就是这一观点的代表。但随着骚乱和争战事件的发生，部分思想家不禁提出疑问，真主不可能允许他的信徒做坏事。那么无疑，人是能够选择自己的行为的。持此种观点的人被称为反宿命论派。

       穆阿太齐赖派创立了自己的思想信条：人有意志自由，可以根据真主赋予的能力用理性检验宗教信条及人的行为善恶。这种思想曾受到推崇而盛行一时，但由于占统治地位的正统派保守势力依然强大，后又受到压制和迫害，于12世纪近于消失。代之而起的是艾什尔里派体系的盛行。

      艾什尔里是伊斯兰教逊尼派神学家，艾什尔里派学说成为官方正统信仰。该派教义思想、立法根据及神学理论都是不断适合统治阶级需要，因此得到历代哈里发或政府的奉行与支持。
在政治方面，逊尼派承认四大哈里发都是穆罕默德的合法继承人，认为哈里发只有古来氏人可以担任。在法学方面，逊尼派学说由于六大圣训集和四大法学派别的确立而近于完备。在神学方面，又由于艾什尔里和安萨里的努力进一步巩固和发展了正统派信仰与思想。至16 世纪，逊尼派已成为人数最多的派别，一直作为阿拉伯统治阶级的正统信仰。

      与此相对立的什叶派，始终没能居统治地位。他们的政治主张是：哈里发应当从出身哈希姆家族的阿里及其后裔中产生。认为穆罕默德以后的哈里发应当是阿里。又提出伊玛目（穆斯林的领头人）不会犯错误，他只不过是暂时隐遁起来，还会以救世主身份重现，给大地带来正义与和平。这种伊玛目不谬说、伊玛目隐遁、救世主再现的思想，更进一步神化了阿里及其后裔。

      由于长期受压抑迫害，允许本派信徒在必要时隐瞒自己的信仰。又因为他们在斗争中有许多首领和教友殉难，因此也有圣徒、圣墓崇拜。在立法方面，以本派的四部圣训集为依据。其中还有许多支派，十二伊玛目派曾于907—1147 年控制着波斯，其信仰成为伊朗政府的国教。宰德派曾于901 年在也门取得政权，至今在也门穆斯林中依然占多数。伊斯玛仪派于10—12世纪，在北非建立过法蒂玛王朝，该派是印度穆斯林的多数。伊斯玛仪派以下的一些小支派，如阿萨辛派、卡尔马特派、德鲁兹派、穆斯塔阿里派等，于9—11世纪陆续进行过多次反对正统派哈里发的运动。各派教义礼仪不尽相同，但都以反对当权者为目标，代表了什叶派运动的主流。