宋代的中阿海外贸易较唐代有很大的发展，贸易品种由唐代的珍宝犀牙为主、香药为辅，渐变为以香药贸易为主。宋太平兴国七年，宋太祖曾下诏令对海外香药香料放通行的有37种，其销路较广的是有医疗作用的香药如丁香、木香、龙脑香、乳香、草豆蔻、沉香、檀香、龙涎香、苏合香油等。由于大量香药的引进，从而大大丰富了中医方药及治疗方法。宋代医方较唐代医方在香药的应用或组方上有明显变化，就《太平圣惠方》而言，仅卷48“诸心痛门”以香药命名的医方有：沉香散3首、沉香丸1首、木香散6首、木香丸6首、丁香丸1首；《圣济总录》卷56“心痛门”以香药命名的医方有木香煮散、木香汤、豆蔻汤、丁香汤、沉香散等31方次，计应用香药8种。《太平惠民和剂局方》是宋代政府和剂局的成药配本，书中以香药命名的医方不下30余种，其中有不少名方，众所周知的苏合香丸、至宝丹、牛黄清心丸等便是。苏合香丸中15味药就有13味是进口药，至今苏合香丸对于中风所致的神志不清、牙关紧闭、半身不遂等重症有明显疗效。其间，大食医家及学者功不可没。
　　
　　宋代在社会上广用香料、香药薰衣、焚香、啖香之际，礼尚往来亦常以香药作为馈赠佳品，用香药配制的药茶甚至一度成为社会生活中的时尚。皇权贵族之间也视药茶为馈赠佳品。民间百姓们不仅用香药治病，而且也用于消毒。泉州有香料文献记载：“蕃药能治冷气，医学多用之……，泉人每岁家无贫富，皆燃之如燔柴”。现代研究，燃烧香料，对于防止传染病传播和扩散有一定作用。这种习俗，自古至今，不仅在回民中间流行，在闽南地区其他民族中也同样流行。
　　
　　元代一统天下，将国内民族分为四等，即蒙古人、色目人、汉人及南人。穆斯林则是色目人中的主要分子，他们往往与蒙古人享受同等待遇，无论在法律上或事实上都优于汉人，同时在元代“回回”一名开始代替“大食人”，被人们认为信仰伊斯兰教者的名称。如此则为阿拉伯医药的广泛深入传播与兴盛打下了良好的政治基础，且元人统一中国之后，继续奉行南宋时的海外贸易政策，推行少数民族医药共存的方针，回回医药在此得以兴旺发达。
　　
　　元初，在元朝政府中设有相应的医药机构。元世祖即位后效法汉制在建立太医院之后，于至元七年（公元1273年）改回回爱薛所立京师医药院为广惠司。据《元史·百官志》说：“广惠司秩正三品，掌修制御用回回药物及和剂，以疗诸宿卫士及在京孤寒者”。至元二十九年（公元1291年）先后在大都、上都建立“回回药物院”；至治二年隶广惠司，定置达鲁花赤一员，大使二员，副使一员。
　　
　　金元之际，西域技术之士，医家之流多入仕于元，如爱薛、答里麻等。
　　
　　由于元代统治者对阿拉伯药物高度重视，元代阿拉伯人在当时政府中的医药机构里占极大势力、广惠司是回回医家的大本营。
　　
　　另外还有一些祖籍西域，生于中国，精通汉、回医药的学者，如元末著名学者丁鹤年，为虔诚的伊斯兰教徒，工儒学，通奥义，精诗律，是一位善兼医术的人。又如元末明初杭州的穆斯林大商人鄂施曼乃的子孙曾设立豪华的私人医院，取名“鄂施曼尼雅”，聘有回回医生从职。陶宗仪《南村辍耕录》所记，不乏不知姓名的回回医官为百姓治病的事例。
　　
　　金元之际医学文化领域学术活跃，百家争鸣，中医界出现了金元四大学派，回回医药文化此时也发展到鼎盛时期，涌现了与回回药物院有关的、集阿拉伯医药学与中国传统医学为一体，具有中国回回特色的医药大型综合性医著《回回药方》等专著。
　　
　　下面介绍回回医学中的重要医著，其中三部问世于元代。
　
　　《回回药方》（以下简称《药方》）。中国回族医药学大型综合性典籍，未著撰人，红格明抄本，原书36卷，残存4卷，现藏于北京图书馆。全文基本上用汉文记述，并夹杂不少阿拉伯、波斯药物名称术语的原文和音译词汇。现残存卷为：目录卷之下、卷12、卷30、卷34。目录卷下包括卷19至36据目录可见，卷19为咳嗽门，包括众嗽、湿嗽、喘嗽、嗽血、嗽痰、肺经肿嗽、说治咳嗽等类。卷20为胸膈凝聚、胸膈热促、胸弱、胸疼痛、胸奄浊、胸冷湿、胸中生疮、开胸膈等类。卷21为肠风肚腹门，包括肠风、肠中生疮、肠中生虫等。卷22为泻痢门，包括论、方及泻从遍身来的、胃经泄泻、肠经泄泻等类。卷23为呕吐门、痞证门、秘门、劳瘵门、补益门；呕吐门包括呕吐、吐泻、泄泻、止吐、止泻等类；痞证门包括痞证类；秘门包括脏腑不通类、能通小水类；劳瘵门包括劳热、劳虫、劳嗽等类；补益门包括补益类。卷24为众热门、众冷门。众热门包括一切热类；众冷门包括胸膈冷类、胃经冷、一切冷等类。卷25为众气门、众血门、时气斑疹门、疟疾门。众气门包括众气、气不依常度、气喘急等类；众血门包括治吐血、能吐血、下血、止血等类；时气斑疹门包括时气、斑疹等类；疟疾门包括疟疾类。卷26为身体门，包括身体肥瘦、身体疼痛、癍痕花绣、治体气、治生虱、手足等类。卷27为黄病门、蛊症门、积聚门，黄病门包括黄类，蛊症门包括蛊症等类；积聚门包括积聚类。卷28为脚气门、脱肛痔漏门、谷通门。脚气门包括身体疼痛脚气、热肿脚气、冷肿脚气、寒湿脚气、一切脚气等类；脱肛痔漏门包括痔疮、肠风痔漏、痔风、脱肛等类；谷通门包括谷通等类。卷29为杂症门，包括论16条，方189首。卷30为杂症门，载方307首。卷31为妇人众疾门、小儿众疾门。妇人众疾门包括妇人身内动静、乳上症候、怀孕动静、子宫症候、众疾等类；小儿众疾门包括小儿众疾类。卷32为众疮肿肿毒门。包括肿毒、疬疮、恶疮等，卷33为众疮肿毒门、疥癣门。众疮肿毒门包括疥疮、甜疮、疳疮、癞疮、臭疮等类。疥癣门包括疥疮、癣疮、一切疥癣等类。卷34金疮门、折伤门、针灸门、汤火所伤门、棒疮门、治人齿所伤门。金疮门包括刀箭所伤、取箭头刺签等类；折伤门包括伤损、接骨、骨脱出等类；针灸门包括灸各种症候类；汤火所伤门包括汤火所伤类；棒疮门包括棒打伤类；治人齿所伤门包括治人齿咬伤类。卷35为众虫兽伤门、众毒门、辟虫门。众虫兽所伤门包括众虫兽伤类；众毒门包括论及说众毒物、辨验何等毒物所伤、解服药毒、解众虫兽所伤等类；辟虫门包括辟众虫、辟恶物等类。卷36为修合药饵门、修合诸般马准门、众香汤煎门、活物治病门、众花果菜治病门。修合药饵门包括论及制药法，相合药法、比量用药、说造良方。药性期度、药饵分两等类；修合诸般马准门包括论及方87首（均已分见各门）；众香汤煎门包括汤药类；活物治病门包括活物治病类；众花果菜治病门包括众果物类、众菜类、众花物等类。