元代至明代前期，还有相当数量的汉、蒙古、维吾尔等族人因政治的、经济的和通婚等原因改信了伊斯兰教，成为回回穆斯林。元代回回人入华后，他们在各地定居和汉族杂居，同汉族的妇女通婚，凡嫁给回回人的妇女，均改宗伊斯兰教。元代；蒙古人从宗王贵族到所属军民，有因接受伊斯兰教而日益融合到回回人中，元世祖忽必烈之孙阿难答自幼归信伊斯兰教，其所率官兵多数为穆斯林，从而使其辖区(包括陕、甘、宁、青等地)伊斯兰教得到广泛传播和发展。据明代文献载，明初哈密地区有3种人杂居：“一是回回人，一是畏兀儿，一是哈拉灰”。哈拉灰原为蒙古人，明正德年间(1506～1521)，他们曾两次迁至肃州(今甘肃酒泉)，到万历年间(1573～1620)由于受到回族的影响，已经“不食猪肉，与回回同俗”了。
　　
     从元代至明代前期，也是各种不同来源的回回人形成一个民族的时期。他们来华后，屯垦牧养，或做工经商，在一定的经济基础上，伊斯兰教对回回人的社会发展和民族共同体的形成曾起了重要的纽带作用：
　　
     (1)由于回回人信仰伊斯兰教，共同的信仰增强了凝聚力，从而促进了民族共同心理状态的形成。
　　
     (2)教坊组织把处于大分散之中的回回穆斯林结成一个个群体或社团。教坊即是以礼拜寺为中心的穆斯林的聚居区。根据文献记载，元代，规模较大的礼拜寺，除设有掌教外，还有执掌教法、传呼礼拜和执掌寺务的各类教职人员。明代，教坊制度下的礼拜寺管理组织更趋完善。寺坊内有阿訇(伊玛目)和“三掌教”。教坊的出现和发展，从组织上巩固了宗教信仰，起到了团结这一坊穆斯林的社会作用。

      (3)伊斯兰教在很大程度上影响了回族的风俗习惯，包括婚姻、家庭、丧葬、饮食、节日、礼仪及道德行为等，多遵从《古兰经》的有关规定演变而来。伊斯兰教对回回民族的政治、经济、文化教育，以及思维方式、理理结构和价值观念都发生了深刻的影响。
　
    　另外，居住在今甘肃和青海省的东乡族、保安族和撒拉族，他们的祖先也是元明时期从中亚等迁入的各族穆斯林。他们进入这一地区与汉、藏、蒙古等族杂居，能在汉藏文化或蒙藏文化的包围之中独立发展，正是伊斯兰教的信仰和文化所起的重要作用。
　
  　元代回回的社会地位仅次于蒙古人。穆斯林在军事、政治、经济、文化领域都占有重要地位和影响，其中一些人跻身于统治者行列。元代统治者对伊斯兰教持宽容态度，设立了“回回国于学”进行宗教及文化教育，建立了“回回掌教哈的所”管理伊斯兰教事务。穆斯林所到之处普遍兴建礼拜寺，对前代所建寺也进行了修葺和重建。伊斯兰教成为与佛、道教并驾齐驱的“清教”与“真教”。此时阿拉伯的科学文化通过来华的穆斯林传入中国。元政府设回回司天监、回回药物院等机构，穆斯林学者在天文、历法、医药、建筑、军工、文学艺术上对中国科学文化的发展和中外文化交流作出了贡献。明代开国功臣中，有不少是穆斯林，如著名将领常遇春、胡大海等，故朱元璋对穆斯林实行怀柔政策，任用穆斯林将领及学者在朝廷担任军政要职，颁布圣旨保护伊斯兰教，敕建各地清真寺。明太监、穆斯林航海家郑和奉命率船队7次“下西洋”。于1430年最后一次下西洋时，派随行的穆斯林到麦加朝觐，绘制了“天房图”，加强了中阿人民之间的友谊。
　　
     明代后期至清代前期。明末清初之际，随着回回民族的社会发展，伊斯兰文化同中国传统文化相结合，从而形成了中国伊斯兰教的特点。这一时期，为适应回族社会经济发展和解决宗教人才缺乏的问题，明嘉靖年间(1522～1566)陕西著名经师胡登洲开创经堂教育之先河，先在陕西，后在山东、河南、河北、云南等地出现了由清真寺阿訇招收学生传习经典，以培养宗教人才和普及宗教知识的经堂教育制度。各地经堂教育在其发展演变过程中，形成各自的中心和特点。在西北地区以冯养吾、张少山为代表的陕西学者，推行寺院宗教教育，多以阿拉伯文读本为主，攻读认主学为特点。以常志美为代表的山东及内地诸省，阿拉伯文和波斯文兼授，多攻教法学。云南派创始人马复初，兼有陕西、山东两派特点。继经堂教育的发展之后，一些著名阿訇、经师、学者，为改变以往“教义不彰，教理不讲”的状况，相继开展了汉文译著伊斯兰教经籍的活动。这时以江南的南京和云南为中心，以汉语译述和阐发伊斯兰教义，弘扬伊斯兰学术文化，使教内外了解伊斯兰教。译著活动的前一阶段，以王岱舆、刘智、张中、马注、伍遵契为代表，译著内容多为教义、教法、典制、历史、哲学等。后一阶段以马复初、马联元等为代表，内容除教义、教法外，涉及阿拉伯语法、修辞学、地理、天文、历法等，并开始汉译《古兰经》。有的学者还用阿拉伯文书写，或汉阿两种文字并用。这些穆斯林学者大多通晓儒、佛、道学说，被称为“中阿兼通”、“学通四教”、“长攻儒者之学”的“回儒”。他们的译著“悉本尊经”，参考了不少苏菲典籍，大都采用了使伊斯兰教义与中国传统文化相结合的“以儒诠经”的方式，从而形成了中国伊斯兰教的宗教哲学思想体系。