《世界征服者史》又载，阿力麻里地区这时还有人信奉伊斯兰教苏菲派。元朝后期，伊斯兰教在占据新疆和中亚河中地区的蒙古东察合台汗国继续发展，伊斯兰教播及天山南北。据16世纪米尔扎·穆罕默德·海达儿的《拉失德史》等书记载，秃黑鲁帖木儿(1347～1363在位)即汗位前后，在谢赫·哲马鲁丁及其子阿儿沙都丁的劝谕和影响下，由大毛拉黑的马特为他主持了入教仪式，成为新疆地区第一个信奉伊斯兰教的蒙古察合台后王。随后，他派遣伊玛目前往各地宜教，其属下从宗王、贵族到农牧民，约16万帐蒙古人“剪掉长发归信伊斯兰教”。明洪武十六年(1383)，黑的儿和卓称汗后即亲自向东部哈喇火州和吐鲁番等佛教地区发动“圣战”，采取强硬措施“强迫当地居民皈依”。从此，这两个地方被称为“达尔·伊斯兰”(即伊斯兰化地区)。黑的儿和卓即汗位前后，今新疆境内分裂为许多割据政权，统治者仍为察合台蒙古贵族的后裔。为了争夺权利，别失八里的马哈麻汗继黑的儿和卓之后，继续在蒙古人中推行伊斯兰教，在他统治时期，新疆地区所有的察合台蒙古人都改宗了伊斯兰教。
　　
     15～16世纪，伊斯兰教在新疆地区长足发展，不仅信仰的人数增加和地区扩大，而且成为各民族的主要意识形态。在新疆的吐鲁番、哈密地区伊斯兰教占据优势，成为不同地区维吾尔人的统一宗教，对其语言文字、风俗习惯、道德规范和心理素质等方面产生了深刻影响。察合台蒙古人信仰伊斯兰教后，与维吾尔人通婚并逐渐走向定居，并与当地维吾尔人逐渐所融合。在北疆的伊犁河谷和中亚草原的哈萨克游牧社会中，伊斯兰教也逐渐占据了统治地位。一位奥斯曼土耳其人赛非于1582年写的著作说，哈萨克人是伊斯兰教哈乃斐法学派的信奉者。在哈萨克汗国头克汗时期(1680～1718)制定的《七项法典》中，伊斯兰教法成为立法的依据，规定“侮蔑真主者，经七人证明属实判死刑”，“如背叛伊斯兰教改奉基督教者，要没收其所有财产”等等。伊斯兰教在新疆地区的传播和发展，有如下特点；
　　
     1．各王朝均实行政教合一制，推行伊斯兰教法，宗教上层人物如谢赫、毛拉、卡迪等享有较高社会地位，喀喇汗王朝君主和察合台后王尊他们为导师和宗教顾问。在统治者的支持下，宗教领袖人物都拥有很大的权利，如14世纪后期劝谕秃黑鲁·帖木儿入教的谢赫·哲马鲁丁及其子阿尔沙、都丁传教于天山南北，后来家族被赋于库车、阿克苏和乌什等地伊斯兰教“喀孜”(即教法官)的世袭特权，一直到别失八里与亦力巴里政权时期。宗教上层把喀喇汗朝以来为传播伊斯兰教殉教者的坟墓加以重修，称为“麻札”，被信徒奉为“圣地”。历代察合台后王都赐予大量土地和其它教产作为“麻札”的宗教公产。同时，清真寺也被赐予大量“瓦克夫”地产。
　　
      2．17世纪初以来，中亚苏菲派著名和卓麦赫杜姆，阿扎姆的子嗣，先后来到新疆传教，他们凭借和卓的特殊身份，在南疆叶尔羌汗国统治者的支持下，广收门徒，聚敛财富，形成了一股强大的宗教政治势力。为争夺宗教领导权，和卓家族从开始就分为两个不同的宗教派别，即伊斯哈格系的黑山派和伊禅卡朗系的白山派。两派为争夺势力范围，相互对立。在斗争中失利的白山派和卓凭借北疆准噶尔贵族的军事征服铲除异己，推翻叶尔羌汗国的统治，在南疆建立起依附于准噶尔汗国的“伊斯兰教神圣国家”。直至18世纪中期清朝平定准噶尔贵族的叛乱，收复新疆后，和卓家族势力才分崩离析。
　
  　3．与和卓势力发展的同时，伊斯兰教苏菲派神秘主义得到进一步传播和发展。它与新疆突厥语各民族原有的宗教影响和传统文化相结合，产生了诸多苏菲神秘主义的依禅派。其中影响较大的有纳格什班迪耶、虎非耶、戛迪林耶、捷日耶、契斯提耶、苏哈拉瓦迪耶和斯拉木耶等派别。这些依禅派别的出现和发展，促进了崇拜圣徒、圣墓(即麻札朝拜)的发展和麻札建筑的大型化，形成了新疆地区伊斯兰教礼仪制度上的一大特色。

（实习编辑 马斯）