仅昆明一地，穆斯林惨遭屠杀者就达3000人。次年，马德新以他的声望和号召力，组织穆斯林进攻昆明，向官府讨还血债。昆明被义军围困一年多，城内弹尽粮绝，云贵总督恒春畏罪自杀。清官府使用缓兵之计，劝义军撤离昆明，并许诺对义军不予追究。这样，义军与官府订立了“城下之盟”，义军主力撤离昆明。马德新退居幕后，继续埋学头问，著书立说。这时杜文秀领导的滇西穆斯林起义轰轰烈烈，清政府虽不断镇压，但起义军斗志旺盛，压而不垮。无奈之下，清政府只好利用马德新的威望来招降起义军。便授予他“三品伯克、滇南回回总掌教”的称号，请他劝说杜文秀。马德新对清朝统治者的凶残本质缺乏足够认识；再说，他组织穆斯林对官府的屠杀政策进行反抗。是想表明穆斯林的严正立场，只想求得一个贤明的地方官员，以使百姓安居乐业，别无所求。既然清政府答应能满足这些要求，他觉得反抗就应该到此为止。于是动身前去杜文秀处亲自劝说。然而，随着太平天国的覆灭，杜文秀领导的云南穆斯林起义失败，清王朝的残运得以延续下来，统治者又背信弃义，1874年(同治十三年)，又将这位81岁高龄的一代学者，以大逆不道罪加以杀害。噩耗传出，全滇穆斯林无不为之同声哀悼。 马德新虽身处乱世，但他闹中求静，勤于读书，笔耕不辍，给后人留下30余部著作和翻译作品，主要有《四典要会》、《性命宗旨》、《道行究竟》、《礼法启爱》、《大化总归》、《会归要语》等。还有《古兰经》部分章节的翻译，叫《宝命真经直解》。他的著作和译作内容广泛，涉及《古兰经》学、圣训学、教义学、教法学、语言学、历史学以及天文历法等；有用阿拉伯文写的，有用波斯文写的，有用汉文写的。 除了上述译著之外，马德新还本着“搜刮群书，是者存之，非者革之，繁者删之，简者就之”的原则，修订整理了前代学者的遗著。如王岱舆的《正教真诠》，刘智的《天方性理》、《天方至圣实录》，马注的《清真指南》等。这些前人由于时代的局限性，加上他们急于求得中国人的认同的心理，在他们的著作中，往往把一些阿拉伯神话故事和中国的民间传说以及某些带有儒、释、道色彩的非伊斯兰教的东西大量引入，马德新对这些著作重新加以审定，进行了一番去伪存真，去粗取精的工作，最后编成《真诠要录》、《指南要言》、《天方性理注释》、《至圣实录宝训》等，语言更精炼，结构更严谨，论证更严密。 马联元(1841～1895年)，字致本，云南玉溪人，出身于经学世家，其父是一个著名伊斯兰教学者，受父亲影响，自幼诵习经典，攻读阿拉伯文和波斯文，经学根底扎实。成年后，曾几次到麦加朝觐，并到伊斯兰世界考察学习。后在玉溪讲学几十年，桃李满天下。玉溪大营龙门九村，一时成为云南经堂教育的一个中心。在教学中，首创阿文、汉文并授。他注重教材建设，注意更新和充实教材。他认为在中国流行的阿拉伯文和波斯文的语法书籍，多半是古典著作，艰深难懂，不适于中国学生初学之用。因此，他用了大半生的精力为经堂教育大学部的初级班，用阿拉伯文和波斯文编了一套完整的教材，如：阿拉伯语的《词法基础》、《语法基础》、《修辞学基础》、《逻辑学基础》，以及波斯文的《古文仙法》。这一套完整的阿拉伯语和波斯语教材，不仅简明扼要，浅显易懂，而且创造性地采用图表来解释复杂多变的阿拉伯语的词法、语法，让人一目了然。这套教材后来广泛为各地经堂教育所采用。 与此同时，马联元还用汉文翻译了《古兰经选本》，即《亥听注解》，在穆斯林中具有广泛影响。他还用汉文写了《辩理明证语录》。马联元不但是国内有名的穆斯林教育家和著作家，而且还是一位国际知名的伊斯兰学者。1894年(光绪二十年)左右，他再度去麦加朝觐，途经印度东北康波尔(勒克瑙北)时，被印度穆斯林邀请在当地讲学。他用阿拉伯文撰写的《讨堆哈》(《简明伊斯兰法典》)也在印度出版。他在康波尔讲学1年，不幸病逝。印度穆斯林十分怀念他，曾为他立下墓碑，以志记念。 综上所述，明清时期的汉文译著主要是面向中国的主体民族——汉族的；对穆斯林知识分子也有较大影响；至于对普通穆斯林大众则没有起到太大作用。真正牵动广大穆斯林大众心弦的则是门宦教派的出现。

    五. 伊斯兰教内部的发展变化——四大门宦教派的产生 伊斯兰教在中国内地，从唐代发展到明代，并没有明显的教派痕迹。但从清初开始，随着伊斯兰世界神秘主义派别——苏菲派的传入，在中国出现了4个中国化的苏菲派别——四大门宦：虎夫耶、哲赫忍耶、嘎得林耶和库布忍耶。在这4大门宦之下，各自还有其分支，总共有40多个分支门宦。 四大门宦的产生既凭外来的种子——苏菲派的影响，也靠中国的土壤。 “苏菲”一词系阿拉伯语，意为“羊毛”。因该派成员强调禁欲，生活俭朴，常穿用羊毛制成的粗布大袍，故后来便用“苏菲”来称呼该派。（对“苏菲’一词有多种解释，有的学者认为来自阿拉伯语“萨非”意为纯净、纯洁，即脱离红尘，一尘不染） 苏菲派于7世纪末到8世纪初，先后产生于伊拉克的库法、巴士拉和巴格达等地，在新皈依伊斯兰教的手工业者、城市贫民、农民、释奴和一些商人中盛行。这些人大多是信仰虔诚，并重视个人功修的人。他们热爱宗教，对伊斯兰教的前途满怀信心，用理想主义的态度看待穆斯林社会的一切。然而，当他们发现四大正统哈里发之后的哈里发们，并非是他们所期待的完美无缺的领袖；相反，这些哈里发身上既有优点，也有缺点，有的甚至奢侈腐化、独断专行，争权夺利，于是他们感到失望，感到失落。他们由此转向悲观厌世，并追求精神和心灵上的解脱之路。而《古兰经》的个别经文恰好给这些人提供了某种依据。《古兰经》虽然在总体上强调直面人生，努力奋斗，开拓进取。但从修身养性，完善自我的角度出发，也有一些关于长时间的祈祷、夜间的礼拜(塔哲乎德)、坐静、诵主、斋戒等的经文(《古兰经》3：1、50：40、52：49、17：1、50：16、24：35、42：51)。这些经文旨在强调，一个人不能整日整夜醉心于现实的物质享受或为获取名利地位而奔忙。为今世忙碌了一天的人们应该抽出一定的时间，静下心来诵经、祈祷、礼拜(指的是副功拜)，反省自己，净化心灵。穆罕默德也曾这样做过，他作为真主的使者和穆斯林的领袖在日理万机之余，忙里偷闲，闹中取静，晚上长时间礼拜、祈祷、诵经。但无论如何，这些从未成为他生活的主要内容，这些功修只是作为一种辅助性的方法、途径，服务于、服从于他的传教事业。然而，悲观失望的苏菲派却把这些长时间祈祷、斋戒、坐静、冥想等变成了生活的主要内容，甚至是惟一的内