拿破仑于7月24日占领开罗。接着，他阴险地玩弄诱骗、压迫和屠杀交相使用的伎俩。他发表“告埃及人民书”，声称埃及人民已经被法军“解放”，应该与法军亲善、合作。拿破仑诡称自己已经皈依了伊斯兰教，戴着穆斯林的缠头巾(达斯达尔)到清真寺参加礼拜，宣布自己是伊斯兰教的“保护人”，并鼓励部将娶埃及女子为妻。然而，没过多久，拿破仑就露出了他的狰狞面目。7月28日，拿破仑命令各大城市商人缴纳巨款：开罗65万多银币，亚历山大港30万法郎，杜姆亚特15万法郎，拉希德10万法郎。他还强迫埃及人民供应法国侵略军的全部用粮。还要缴纳家俱什物，衣帽鞋袜等实物。法国军队还砸商店、抢货物，并捣毁了保存在萨拉丁城堡里的历代文物。

    侵略者的残暴行径，激起了埃及人民的极大愤慨。10月初，爱资哈尔大学的教师和学生组织了一个起义委员会，准备起义。10月22日，成千上万的人聚集在爱资哈尔大清真寺及其周围，伊斯兰学者和长老们在人群中做了慷慨激昂的演说，鼓动人民起来反抗外来侵略者。开罗全城顿时沸腾起来，群众纷纷拿起武器，举行声势浩大的示威游行，并与赶来镇压的法军展开搏斗，杀死了开罗卫戍司令杜布。23日，法军像潮水一样，蜂拥人城。他们在爱资哈尔清真寺内胡作非为，洗劫了寺内的所有财物，把《古兰经》撕得粉碎，恣意践踏。法军对起义进行了残酷的镇压，被捕的起义领袖惨遭杀害，起义成员被捆绑起来，游街示众，然后投进监牢，百般折磨。法军以搜查“叛乱”者为名，抢劫财物，强奸妇女，捣毁清真寺，无恶不做。

    英国作为一个老牌殖民主义者，不会坐视法国占领埃及这个战略要地。当法军在埃及受到人民的抵抗的时候，纳尔逊率领的英国舰队在阿布基尔湾消灭了法国舰队的大部分，封锁了埃及海岸，拿破仑和法国本土的联系被割断。同时，奥斯曼帝国也不愿听任法军占领自己的属地，塞里姆三世便向法军宣战，并与俄、奥、英等国结成同盟，从叙利亚南进。这样，拿破仑远征印度的计划彻底破产，而且他在埃及都受到围困。拿破仑决定孤注一掷，走一步险棋——进攻叙利亚。1799年1月，他率领部队越过西奈半岛，进入巴勒斯坦，沿途受到人民的袭击。3月6日，拿破仑攻人雅法城以后，实行报复，下令屠杀全城居民，并枪杀了4000多名土耳其俘虏。

    拿破仑在进攻阿卡要塞的战役遭到惨败，撤回开罗后，获悉国内政局不稳，加之俄国又攻人意大利，于是，把仅剩下的1万多人的军队和统治埃及的大权交给部将克莱贝尔，自己偷偷溜回法国。

    克莱贝尔继续执行拿破仑的政策，遭到埃及人民的强烈反对，武装斗争的烈火在全埃及燃烧起来，法国军队穷于应付，狼狈不堪。正在这个时候，英国人登台亮相，开始了“表演”；他一面怂恿奥斯曼帝国出兵埃及，一面又装做奥、法之间的调停人，限法国军队在3个月内，撤出埃及，把埃及的主权归还给奥斯曼帝国。当奥斯曼帝国的军队进驻埃及，先头部队抵达开罗近郊，与法军对峙时，1801年英国军队乘机占领了埃及沿地中海沿岸的一些城市，正可谓“螳螂捕蝉，黄雀在后”。

    法国表面答应撤军，其实在重新部署军队，企图赖着不走，法军炮轰奥斯曼帝国兵营，屠杀开罗居民。开罗人民群情激昂，决心发动第二次起义，赶走侵略者。经过50多天英勇顽强的战斗，沉重打击了侵略者，1801年9月2日，法军被迫撤离埃及。

    法国军队被赶走以后，埃及出现了3种势力：奥斯曼帝国军队、马木鲁克军团和英国军队。

    英国军队赖在埃及沿海一带不走，试图替代法国长期占领埃及，由于受到埃及人民的反抗和列强的干涉，才于1803年被迫撤出。奥斯曼帝国军队纪律松弛，战斗力下降。马木鲁克军团，经过法军的削弱，成为几股流寇，再也没有力量争夺政权了。

    就在这种情况下，穆罕默德·阿里（穆罕默德·阿里（1769～1849年)，原为阿尔巴尼亚烟草商人，后参加奥斯曼帝国军队，在短短几年内，升为军官，后来到了埃及，与法国军队作过战）利用人民的力量，打垮了马木鲁克军团，削弱了奥斯曼帝国军队，夺取了埃及的政权。奥斯曼帝国素丹无力恢复他在埃及的统治，被迫承认穆罕默德·阿里为埃及总督，并封以“帕夏”的称号。从此，埃及名义上承认奥斯曼帝国的宗主权，但实际上已经独立。

    英国人占领埃及的狼子野心不死，于1807年3月又一次进攻埃及。后在埃及人民的顽强抵抗下，于9月被迫撤离。穆罕默德·阿里的政权得到巩固。

    在英法侵略势力日益严重的威胁下，穆罕默德·阿里力图增强国力，维护独立和保持自己的统治地位。为实现这个目标，他进行了一系列的改革。如实行土改，没收地主的土地；兴修水利，扩大耕地面积；发展工业，尤其是军事工业，以便富国强兵；学习西方，兴办学校；向法国、英国派遣大批留学生学习军事、政治、医学、生物、化学和农艺等学科。这批留学生回国后形成改革维新的骨干。效法西方的教育制度，兴办了几十所中学和专科学校，培养新型人才。