这次起义的领导者是穆罕默德·阿赫迈德(1844～1885年)，他出身于农民家庭，本人是一位伊斯兰学者，他在民间宣传平等观念，强调在真主面前人人平等。谴责富人和外国官吏的贪婪，号召人民拒绝纳税，驱逐殖民主义者。他宣布自己就是人们期待的“马赫迪”(含有救世主的意思)，要在人间确立纯正的伊斯兰信仰、要实现社会公正和人间正义。1881年底，穆罕默德·阿赫迈德号召人民进行“吉哈德”(圣战)，把侵略者及其走狗赶出国土。他的号召得到人民的热烈响应，许多地区整个部落都加入到起义队伍中，起义形成较大的规模。起义军作战十分勇敢，进展十分迅速，英国利用埃及人一同镇，压。1881年12月和1882年6月，起义军两次击败受英国指使前来镇压的军队，缴获大批武器弹药，扩大了解放区。1883年，起义军收复了整个科尔多凡省作为根据地。英军侵占埃及后，于1883年派希克斯率3万大军侵入苏丹，妄图一举扑灭起义。11月，侵略军为起义军所败，几乎全军覆没，希克斯被击毙。1884年初整个南部地带宣告解放，随后，起义军挥戈北上，直逼总督府所在地喀土穆。狡猾的英国人见硬的一手无效，便采取软的一手对付起义军。当时的总督戈登首先宣称要让埃及军队撤退，企图以此平民愤；继而又想以“素丹”称号诱使穆罕默德·阿赫迈德建立一个脱离埃及和奥斯曼帝国的亲英傀儡政权；最后则使用挑拨离间的手段，阴谋分化起义军，所有这些阴谋都没有得逞。起义军义无反顾，勇往直前，于1885年1月26日攻克喀土穆，镇压太平天国起义的刽子手戈登被起义军用长矛刺死在总督府前。到1885年夏；除沿海的萨瓦金港以外，起义军已解放苏丹全境。

    起义成功以后，穆罕默德·阿赫迈德进行了一系列改革，如废除英埃统治时期的税收制度，减轻人民负担，收复外国人侵占的土地，还给人民等。这些措施，深受人民欢迎。

    1885年6月，穆罕默德·阿赫迈德病逝，他的战友阿卜杜拉继任，苏丹逐渐成为一个统一的国家。

    19世纪90年代后期，西方列强已基本上瓜分了非洲，苏丹成为当时非洲仅存的三个独立国家之一。英国为打通开普一开罗通道，实现其殖民帝国计划，力图占领苏丹，消灭起义政权。1896年，英国在它被逐出苏丹之后的11年又重新发动进攻，集结了19世纪殖民主义侵略非洲的军事行动中最庞大的侵略军——拥有新发明的马克西姆机枪的2．5万名远征军和7000余匹马、骆驼组成的运输队。由克其纳指挥，采取步步为营的战略，自北向南蚕食。英军为保证军需后勤及时供应，边修铁路边推进，花费2年的时间，于1898年才进抵柏柏尔地区。4月，苏丹军与英国侵略军在这里交锋，苏丹军受挫，苏丹军退守喀土穆。9月，两军在恩图曼城下决战，苏丹军为保卫首都，英勇奋战，在英军马克西姆机枪的火力网前，奋不顾身地轮番冲锋。最后，苏丹军在这场决定性的战役中受到重创，损失2万多兵员；英军攻人恩图曼，进行骇人听闻的大屠杀，并掘开穆罕默德·阿赫迈德坟墓，亵渎其尸体。此后，苏丹军转入游击战，阿卜杜拉及其战友先后战死，其余的人坚持到1900年终于失败。

    1899年，苏丹在所谓“英埃共管”的名义下成为英国的殖民地。苏丹总督以及各部部长、各省省长等高级职务都由英国人担任，县区负责人由埃及人担任。所有在苏丹的官员的薪俸和驻苏丹军队的防务费由埃及负担。直到1913年，苏丹的财政赤字也由埃及弥补。

    为了加强对苏丹的统治，英国制定了包括取缔反政府的宗教组织在内的一系列的法规。为了加强掠夺苏丹的财富，英国让埃及政府发行公债，修筑了从阿特巴拉到红海苏丹港，喀土穆到欧拜伊德的铁路。

英国侵略苏丹，还加重了埃及人民的苦难。英国强迫埃及提供绝大部分侵略苏丹的战费，驱使埃及人当炮灰。此后，又在“共管”的名义下，要埃及负担行政费和占领费，而一切权益却由英国独占。英国还利用苏丹处于尼罗河上游的地位，控制埃及水源，经常在政治上讹诈埃及，动辄以切断水源相威胁。