元代曾任职四川的回回人中，最有名的要算回回著名政治家赛典赤赡思丁（公元1211—1264），他在至元年（公元1264年）出任陕西五路西蜀四川中书省平章政事，在这个职务上他一直干了九年左右，直到至元十一年调任云南省平章政事为止。赛典赤赡思丁的第三子忽辛也是很有名的政治家，曾在大德八年（公元1304年）出任四川平章政事，但为时不长。第四子苫速丁兀默里曾任建昌路（今四川西昌）总管。赛典赤赡思丁父子及其他回回官员属下、驿站的回回官兵、工匠等也有留居四川的，且四川境内有屯田的回回军户及大批回回商人，这都成为元代四川回回的重要组成部分。

      明代300年中，回回已成为一个民族共同体。甘肃、陕西和云南已经是回族的主要聚居区域。随着明朝的历次移兵屯田，陕西、甘肃和云南的不少回回军士以及商人等随兵入川，来到川北、川东一些地广人稀的地方屯田垦牧，形成了一些聚居点，后世均称之为“回回营”或“回回村”。现今聚居在西昌和阆中的一些回族，其先人都是洪武年间从陕西西安府和云南大理随军入川的。成都等地的回族，更是有所发展，如成都的鼓楼寺、新都县的罗家寺等，都是明代修建的，在明人著作《蜀中广记》、《九夷考》中，对今凉山安宁河流域的回族皆有记载，言其风俗习惯甚详，《西昌县志》亦云：“泸山魔寺（即清真寺），明洪武二年建”。这说明四川回族在当时已有了比较大的聚居点。明末清初，李自成起义军转战入川，军士中有不少回族，有些人就留居四川，至今绵阳一带的回族据说就是那些义军的后裔。

      清代是四川回族的大发展时期，回族人口迅速增加，居住面积不断扩大，逐渐形成了“大分散、小聚居”的分布特点。清初、特别是康熙、乾隆之际，有更多的回族随军或经商入川，或随“湖广添四川”的移民从湖北、江西等地入川，并相继散布到许多城乡。清同治年间云南回民起义及西北回民起义失败后，起义军将士分散入川者不少，此外，清廷还曾将俘虏的约1000户陕甘回民起义军及家属押送到成都附近管制屯田。清代成都有10座清真寺，多是清代初期和中期修建的，如皇城清真寺就系清初所建。据《成都回民概况》记载，清末成都市有3000多户回族，近两万人。可见清代成都回族的繁盛。但后来由于战乱兵燹、人口流动等原因，成都回族人口大大减少了。此时重庆有3座清真寺，回族人口也不少，乾隆时有人统计，迨近300家（伍仪彰：《重庆回教源流考》，《回民言论半月刊》民国第十期）。还有当地秦蜀之孔道的广元以及云南隔金沙江相邻的会理等地，在清初或清中期也有修建清真寺，而且会理的回族人口在清时一度为600余户（苏德宣：《川西三边县回民概况》），称得上是一个比较大的回族聚居区。川西高原地区，在清代也有回族徙居，如甘孜藏族自治州回族的来由，主要就是“清代用兵康藏，屡檄川陕制兵（很多是回族）出关戎守；清末时又有陕甘的回族不堪当地政府压迫逃亡来此”（吴传钧：《西康省藏族自治州》三联书店1955年6月北京第一版，12页）。综上可知，清代四川回族发展迅速，人口繁盛，足迹几遍全川，现在四川回族的分布格局，基本上在清代已经定下来。

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