合台汗国开始分裂为东西两部：东部以阿力麻里为中心，包括喀什噶尔、吐鲁番；西部以撒马尔罕为中心，包括河中地区。 1321年，怯伯死，其弟燕只吉台与笃来帖木儿相继即位。1331年(元至顺二年)，笃来帖木儿死，其弟答儿麻失里继位，答儿麻失里长期留住西部呼罗珊边境，并宣布摒弃佛教而皈依伊斯兰教。受其影响，许多蒙古贵族也成了穆斯林。1334年，以笃来帖木儿之子不赞为首的贵族起兵杀害了他。此后汗国进入汗位频繁更迭的时期。 1348年，秃黑鲁·帖木儿在阿克苏继汗位，从那时起直到1513年(明朝正德八年)赛依德汗定都叶尔羌的前一年为止，察合台汗国经历了一个重要时期，在这一时期中，东察合台汗国天山以南的大部分蒙古人逐渐由游牧生活过渡到定居的农耕生活，并开始了伊斯兰化和突厥化的进程，最后融合到畏兀儿(维吾尔)人里面。天山以北的一部分蒙古人也改信了伊斯兰教，但保留了许多蒙古人的生活习俗。秃黑鲁·帖木儿是东察合台汗国汗室中第一个接受伊斯兰教的人。库车的毛拉艾尔西丁对他的改信伊斯兰教起了重要作用。秃黑鲁·帖木儿不但是一位虔诚的穆斯林，而且也是一位伊斯兰教的热情倡导者，在他的影响下，有16万蒙古人改信了伊斯兰教。 1389年，秃黑鲁·帖木儿的幼子黑的儿火者即位后，伊斯兰教向新疆东部发展。他于1392—1393年，征服了火州和吐鲁番；1396—1397年，又占领哈密地区。从此，伊斯兰教在这些地区逐渐取代佛教而成为主要的宗教。 1405年，黑的儿火者去世，长子沙迷查干继位。1407年沙迷查干去世，其弟马哈麻继位。马哈麻大力推行伊斯兰法，使汗国居民不但思想观念伊斯兰化，而且生活方式、言谈举止也伊斯兰化。在服饰方面，男子戴“达斯达尔”(缠头巾)，女子戴面纱。 伊斯兰教对察合台汗国的文化产生了深刻的影响。察合台汗国时期，产生了深受阿拉伯文和波斯文影响的察合台文。由于察合台文的普及，伊斯兰世界的哲学、医药学、教义学、文学等著作被介绍到塔里木盆地。在这方面，洛特非、纳瓦依和赛卡克等人起了巨大作用。他们精通阿拉伯文和波斯文，又熟谙察合台文，所以他们在翻译和介绍中起了重要的桥梁作用。 察尔台汗国时期，维吾尔族的民间文学有长足的发展。《阿凡提的故事》正是在这个时期内形成的，内容丰富多彩，具有强烈的艺术感染力，最终成为家喻户晓的故事。 叶尔羌汗国(1514～1678年)时期，伊斯兰教在新疆得到进一步的发展和繁荣。叶尔羌汗国的缔造者赛依德汗是东察合台汗国阿黑麻汗的第三个儿子。1514年6月3日，赛依德登上汗位，定都叶尔羌。赛依德是一位虔诚的穆斯林，他把伊斯兰教传播到南疆的几乎每个地区。他在位期间，社会稳定、经济发展，文化繁荣。阿卜都喀林木(1560～1591年)也是一位贤明的君主，他每周都用两天时间公开接见百姓，听取诉讼，用伊斯兰教法进行判决。马黑木汗(1592～1609年)统治时期，叶尔羌汗国达到鼎盛阶段。叶尔羌、和阗、喀什噶尔、塔什库尔干、阿克苏、乌什、库车、焉耆、吐鲁蕃、哈密等地的星期五“呼图白”(讲演)都要提到他的名字并为他祈福。 后来，中亚苏菲派的一支——伊禅派传人叶尔羌汗国，成为南疆的一股强大的社会势力，早在阿卜都喀林木时代，有一位叫伊斯哈格的人，自称“和卓”（“和卓”，波斯文音译，原意为“显贵”。后又译为“和加”、“霍加”，系当地穆斯林对圣裔和学者的尊称。）；从河中地区来到叶尔羌汗国传播苏菲派思想。到了马黑麻汗任阿克苏总督时，由于他的推崇和推行，苏菲派在该地得到较快发展。马黑麻汗登上汗位以后，邀请伊斯哈格来汗国继续传教。伊斯哈格派儿子和卓沙迪从撒马尔罕赴叶尔羌汗国，马黑麻汗对和卓沙迪非常欢迎，并大力支持；从此，伊斯哈格的这一支势力进入叶尔羌汗国宫廷，在汗室的支持下向各地发展，这一支被称为“黑山”派。以后，伊斯哈格的亲兄弟伊善哈兰的儿子穆罕默德·玉素甫也从河中地区来叶尔羌汗国，活动于喀什噶尔。伊善哈兰的这一支被称为“白山”派。这两个派别都上依王侯，下人民间，渗透到社会生活的各个方面。两派在教义教法上，没有什么太大差别，只是在礼仪和形式上有一些小的分歧，但围绕着政治与宗教权力各找靠山，相争不已，延续300年之久，给清朝统治者实行“分而治之”和“钳制”政策以可乘之机。

民国时期——伊斯兰教在新形势下进一步发展

    1912年，伟大的革命先行者孙中山先生领导的辛亥革命，推翻了腐朽的清政府，建立了中华民国。辛亥革命虽然不够彻底，中华民国政府也存在许许多多弊端和局限性，但比起极端专制、腐朽的清朝统治是一个历史性的进步。孙中山先生提出了汉、满、蒙、回、藏，“五族共和”和“民族平等”的主张。作为五族之一的“回”，实际指的是中国各族穆斯林；尽管存在着事实上的民族歧视，但民国政府和民国约法从法律上承认伊斯兰教的存在，规定信仰自由。这就从政治和法律上为伊斯兰教的进一步发展提供了较有利的条件。与此同时，从社会文化层面来看，19世纪末到20世纪初，西方的思想和科学文化技术逐渐传人中国，自从1840年鸦片战争以来，备受欺凌的中国各族人民对文化落后所带来的后果有深切的感受。因此，“教育救国”、“科学救国”的思想，对许多穆斯林知识分子影响很大。于是，在他们的带动下，在中国穆斯林中出现了以提倡教育，建立团体，创办报刊，派留学生为主要内容的民族觉醒运动，史家称之为“新文化运动”。另一方面，中国伊斯兰教受大环境和小环境影响，在西北出现了两个新的教派——伊赫瓦尼和西道堂，对中国穆斯林的思想、观念产生了较大的影响。

    一. 新文化运动 自从1840年鸦片战争以来，中国陷入半殖民地半封建社会。腐朽的清朝统治者对外奴颜婢膝，丧权辱国，对内加强专制统治，进行残酷压迫和剥削。灾难深重的中国人民进行了一次又一次的反抗斗争，如太平天国运动，西南和西北穆斯林反清起义、义和团运动等等，结果都失败了，最后孙中山先生发动辛亥革命，推翻了清政府，建立了中华民国。这是一个历史性的进步。然而，随之而来的是军阀混战，中国人民所企盼的民主、和平、统一的时代并没有降临，他们仍然受着帝国主义、封建主义和官僚资本主义的压迫。穆斯林的处境尤其艰难，经过清朝政府200多年的摧残，特别对历次起义的残酷镇压，使他们元气大伤，造成经济上贫困，文化上落后，精神上压抑。从而使其变积极为消极了，变开放为保守，把自己封