1941年，35岁。

     白话文《古兰经》译至第九卷。
太平洋战争爆发，上海沦陷。国民党要员几次约马坚到政府部门任职，白崇禧还亲笔写信给他，并买好了机票，劝他到重庆来工作，他都拒绝了。
侨装成商人离开上海，回到家乡云南沙甸。

     《伊斯兰教育史》在重庆出版。

      1942年，36岁。

     从头开始专心翻译白话文《古兰经》和《回教哲学史》，同时还在白亮诚先生开办的私立养正学校任教。

     1944年，38岁。

     在养正学校向学生讲拉阿文《赛氏注释》（即赛尔顿丁注释的《尔歌一德》），后用半年时间完成译文，译名是《教典诠释》、编译教材《教义读本》（共四册）。

     受聘于云南大学，开设伊斯兰文化讲座，养正学校的高年级班学生随马坚迁至民明。
《回教哲学史》在重庆出版。

     1945年，39岁。

     白话文汉译《古兰经》初稿完成。

     1945年，40岁。

     北京大学筹建东方语言文学系，经向达和白寿彝教授推荐，北大副校长汤用彤教授代表北大聘请马坚到北大任教。 

      10月，马坚偕夫人马存真到北京，在北京大学东语系开设阿语专业。

      1947年，41岁。

      评为阿语教授。开设课程有：中级阿拉语、高级阿拉语、伊斯兰教史、伊斯兰教育史、《古兰经》研究等.

     1949年，43岁。

      完成白话文《古兰经》前八卷注释。北大出版社和商务出版社先后出版带注释的白话文译本《古兰经》上册。

     北京解放前夕，北大校长胡适和部分教师纷纷随国民党逃往台湾，马坚坚决留下来任教。
9月，作为宗教界人士和少数民族代表，参加了第一届中国人民政治协商会议，并当选为第一届政协全国委员会委员。

     出版《古兰经简介》单行本。

     1950年，44岁。 

     2月6日，在天津《进步日报》发表《中国人民革命的成功对于回教各国人民的形响》。
7月16日，又在《进步日报》发表《回民同胞对于新时代应有的认识》。
11月26日，在《人民日报》发表《美帝国主义是伊斯兰教的死敌》。
12月10目，在天津《进步日报》发表《从伊斯兰的观点看美帝国主义》。
将毛泽东的《论人民民主专政》译成阿语，由民族出版社出版。