哈拉汗王朝的建立者主要是维吾尔人。维吾尔人，古称“回纥”或“回鹘”，曾信仰过萨满教；8世纪中叶传入摩尼教，并定为国教；北宋初年的于阗，在摩尼教流行的同时，也有祆教和佛教，在吐鲁蕃，则景教与摩尼教并存；后来，佛教势力越来越大，龟兹、于阗、高冒、甘州等地的佛教逐渐代替了其他宗教，成为占统治地位的宗教。伊斯兰教在新疆广泛传播是10世纪初（关于伊斯兰教最早传入新疆的时间，学术界目前尚有争论。有的学者认为，伊斯兰教最早传入新疆是在8世纪初倭马亚哈里发国家征服中亚的时期(参见纳忠《阿拉伯通史》第270页)）的哈拉汗王朝时期发生的事情。

    9世纪中叶，回纥人居住地区发生内乱，黠嘎斯人乘机攻人。回纥人从鄂尔浑河流域分3支向西南方向迁徙：一支南下到河西走廊，史称“河西回鹘”；一支西去高冒地区，史称“西州回鹘”；一支迁到喀什和中亚楚河南部地区。这一支(第三支)回鹘人于10世纪到12世纪建立了一个强大的王朝——哈拉汗王朝。极盛时期的疆域包括今塔里木盆地的中部和西部、伊犁河流域和巴尔喀什湖以南、楚河流域和伊塞克湖周围、锡尔河中游和阿姆河中游的以东地区（《维吾尔族简史》，新疆人民出版社，1991年版第73页）。当时的喀什噶尔、于阗、恒逻斯、八拉沙衮城等均在其辖地内。汗国采用长、幼子双汗制。大汗(狮子汗)驻巴拉沙衮(唐朝安西都护府，驻地碎叶城)；副汗(公驼汗)初设恒逻斯，后迁至喀什噶尔(今喀什)。因其西部疆域与萨曼王朝接壤，故而受其影响而接受伊斯兰教。

    10世纪初，喀什噶尔的公驼汗沙吐克·布格拉汗(哈拉汗王朝始祖卡迪尔汗之孙)是最先皈依伊斯兰教的汗室成员。在他执政的45年期间，大力推行伊斯兰教。为完成传播伊斯兰教于天山南北的宏愿，和于阗(今和田)的佛教政权作战；进攻信奉佛教的“西州回鹘”，并战死沙场。他为伊斯兰教在新疆的大规模发展奠定了基础。

    955年，布格拉汗去世后，其子穆萨·阿布都·克里木继汗位，他首先夺得巴拉沙衮，统一汗国。然后在苏菲导师卡里木提的协助下，在汗国进一步推行伊斯兰化，到960年，信奉伊斯兰教的突厥人已达20万帐。布格拉汗的长孙奥布·哈桑在位期间对传播伊斯兰教更为热情。996年，他收复了一度被佛教徒占领的喀什噶尔城。1006年，玉素甫·卡迪尔汗(奥布·哈桑的堂兄阿隆之子)征服了整个于阗，伊斯兰教传人天山南部。

    999年，哈拉汗王朝与加兹尼王朝共同灭萨曼王朝，瓜分其领土。1008年，哈拉汗王朝和加兹尼的军队在离巴尔赫不远的草原上交战，结果哈拉汗王朝军队战败。这次失败，促使王朝内部原有矛盾公开化，引起了王朝的分裂。

    1042年，哈拉汗王朝分成东西两个王朝。东部王朝大可汗的辖区伸人葱岭以东，以巴拉沙衮和喀什噶尔为中心，包括费尔干纳盆地以东、七河地区与塔里木盆地。西部以撒马尔罕为中心。1137年，西辽军到达和毡，打败了哈拉汗王朝军队，1141年，西辽又打败塞尔柱人的军队，入主撒马尔罕，从此西部哈拉汗王朝归属西辽。1212年，西部王朝最后一位统治者奥斯曼·本·伊布拉欣被花拉子模沙赫·素丹·穆罕默德杀死。这样，西部王朝约170多年的统治宣告结束。

    东部哈拉汗王朝的统治者以“正统王朝的统治者”自居，自称为“正义和宗教的保护者”。苏莱曼·本·玉素甫统治期间，大力传播伊斯兰教，1043年，有1万帐突厥人皈依伊斯兰教（《维吾尔族简史》，新疆人民出版社，1991年版，第81页）。

    从12世纪20年代起，东部哈拉汗王朝走向衰落。1211年，最后一位统治者穆罕默德·本·玉素甫被杀。西辽政权取代哈拉汗王朝的辖地喀什噶尔、于阗等地，压制伊斯兰教，迫害穆斯林，钉死大伊玛目阿老丁。从此，长达170多年的东部哈拉汗王朝最后灭亡。但是，伊斯兰教在新疆地区已经深深地扎下了根，基本上不受政权更迭的影响。

    维吾尔族著名诗人尤素甫·哈斯·哈吉甫的长诗《福乐智慧》(成书于1069年左右)深刻反映了伊斯兰教对哈拉汗王朝社会生活的巨大影响。这一时期的另一部重要著作《突厥语大词典》，作者为喀什噶尔人穆罕默德，它的问世说明哈拉汗王朝的文化具有相当高的水平。

    值得指出的是，新疆地区的其他一些民族大批地皈依伊斯兰教也是与哈拉汗王朝推行伊斯兰化的政策分不开的。如哈萨克族。虽然伊斯兰教早在8世纪倭马亚哈里发时代就从中亚七河地区传人哈萨克大草原，到葛逻禄汗国时期(766～940年)，得到进一步传播，但大批的哈萨克人接受伊斯兰教是在哈拉汗王朝时期的事情。1043年，有1万户突厥人改信伊斯兰教，其中相当多的人是哈萨克人。11世纪以后，伊斯兰教逐渐向东传播。由于哈拉汗王朝打下的基础，到了15世纪～16世纪，大部分哈萨克人信仰了伊斯兰教。

    柯尔克孜人信奉伊斯兰教也是在哈拉汗王朝时期。由于该王朝统治者全面推行伊斯兰化政策，使得生活于其辖地内的柯尔克孜人也接受了伊斯兰教。14世纪初，随着蒙古察合台后裔改宗伊斯兰教，在其带动下，生活于其境内的部分柯尔克孜人又加入了穆斯林的行列。至18世纪，柯尔克孜人基本上都成为了穆斯林。

    至于塔吉克族，则于8世纪，随着倭马亚哈里发国完成对中亚的征服，居民普遍接受了伊斯兰教逊尼派。11世纪开始，又改奉伊斯兰教什叶派的支派——伊斯玛仪派。这是宗教领袖纳斯尔·霍斯鲁长期在帕米尔地区传播伊斯玛仪教派的结果。