拉萨现存最大的清真寺是河坝林的大清真寺。据《拉萨文物志》称，大清真寺创建于康熙五十五年（1716），最初规模不大，建筑面积只有200平方米；乾隆五十八年（1793 ）平定廓尔喀后进行了维修和扩建（注：西藏自治区文物管理委员会，《拉萨文物志》1985，第90、55、54、54、141、142页。）。若此年代确实可信，则大清真寺的创建与清军无关；因为清军首次到达拉萨是在康熙五十九年（1720）。而大清真寺内一块约于乾隆年间立的匾中，有“贸易客民马如龙、何文才、马明远”（注：此匾见于薛文波《拉萨的回族》一文记载，今已不存。其中“马明远”一名还见于乾隆四十八年大清真寺买房契，故推此匾系同时代物。）等人名，可见内地回族商人在拉萨的活动也是确实的。最早创建大清真寺的可能是这些回族商人。而使大清真寺得以扩修并形成现存规模的却是驻藏清军。大清真寺可考的最早证据是在乾隆年间，有三件。一是乾隆三十一年（1766）“咸尊正教”匾，立匾人有守备哈国祥，把总单应举、马国隆、虎文斌等，显然是驻藏清军；二是乾隆四十六年（1781）千总马大雄，把总虎文林等所立之匾（注：薛文波：《拉萨的回族》，《甘肃民族研究》1986年第2期。）； 三是乾隆四十八年（1783）马明远经手之大清真寺购买店铺的契约，盖有“四川西藏卫藏关防”印（注：西藏自治区文物管理委员会，《拉萨文物志》1985，第90、55、54、54、141、142页。）。可见大清真寺在乾隆年间已具相当规模了。此外，大清真寺内还有道光十五年（1835）、咸丰壬子（1852）、民国十二年（1934）及1940年的匾，道光二十八年（1839）马朝俊经手的买店铺契约等，是大清真寺历史的见证。另据薛文波先生50年代的记载，大清真寺可考之最早的修建年代为乾隆三十一年（1766）；道光三年（1823）修补一次；光绪十六年（1890）又修补一次；民国时又小修一次（注：薛文波：《拉萨的回族》，《甘肃民族研究》1986年第2期。）。在1959年拉萨暴乱中，大清真寺被焚毁，1960年重修；多数上述文物今已无存。新修之礼拜殿建筑面积285平方米，并建一13米高的邦克楼；大门为汉式牌坊建筑，上以阿文、藏文和汉文书写“西藏大清真寺”字样。

　　大清真寺在拉萨北郊多底村北拥有一块墓园，称为“格格霞”。此墓园的建成大约与大清真寺同时， 现存最早的墓碑是乾隆四十九年（1784）所立，墓主“扇公讳聚财，原籍山西凤翔县瓦窑头礼拜寺。”（注：作者于1997年到此墓园，此碑藏于墓园屋内。）据调查，墓园内现存石碑23通，其中有清代墓碑16通保存完好。墓碑形制多为内地回族特点，碑首多刻写阿文清真言，碑心刻写墓主名讳，两侧刻写汉文对联。如清咸丰七年碑，碑心为“皇清诰赠显妣马母黄氏老宜人之墓”，两侧为“风清瑞照牛眠地，山岚详徵马鬣村”，横批“万古佳城”（注：西藏自治区文物管理委员会，《拉萨文物志》1985，第90、55、54、54、141、142页。）。格格霞墓园总面积约64,000平方米，西面依山，墓地分布在一片稀疏的树林之中：有围墙，大门东向，大门是富有伊斯兰特色的绿色尖塔式建筑；进门是守墓人住所和礼拜建筑。此礼拜殿专为前来游坟者礼拜所用，以及每年“抓饭节”全体穆斯林露营生活时使用（注：“抓饭节”是拉萨穆斯林特有的节日。）。

　　清代驻军和商人中的内地回族在拉萨定居，成为今天拉萨穆斯林的主体。他们在清代被划入拉萨汉人的群体，其首领称“保正”，由回民推选再经西藏地方政府承认，一般事件由保正处理，无法解决的才报西藏地方政府。在十三世达赖喇嘛时他们被划归西藏地方政府的农林局（索朗列空）管理。在50年代， 内地回族系统的穆斯林在拉萨共有约150余户，千余人（注：薛文波：《拉萨的回族》，《甘肃民族研究》1986年第2期。）。在40、50年代， 拉萨穆斯林（包括内地回族和克什米尔系统的穆斯林）总共约有200余户2,000人左右（注：参见马瑛富：《穆斯林的旗帜飘扬在拉萨》，及薛文波：《拉萨的回族》。）。有西方学者认为在本世纪初拉萨至少有穆斯林10,000余人（注： "Muslims in Tibet/, by Muir J. R, Cited by Broomhall, Islam in China,London,1910。），显系夸大其词。因为直到50年代，拉萨总人口也不过30,000多（注：《中国国情丛书—百县市经济社会调查：拉萨卷》中国大百科全书出版社，1995，第47页。）。国内有文章认为14、15世纪西藏穆斯林人口已有2,000余户10,000余人， 则更是危言耸听（注：房建昌《西藏穆斯林的来源及其生活》，《宁夏社会科学》1986年第3期。）。今天拉萨穆斯林人口也仅有3,000人左右。（注：据1990 年人口普查西藏自治区有回族人口2,987人。）在西藏东部重镇昌都，也很早就有回族人入居。清康熙四十一年（1702）陕西籍回民在昌都修建了礼拜殿，命名为“陕西回馆”。康熙五十八年（1719）正式建立了清真寺，当时驻防昌都的清军回族官兵给予了捐助（注：杨纯灵（洛桑）著，《西藏昌都回族穆斯林和清真寺》西藏昌都清真寺管理委员会1994年打印本。）。昌都也是清代在西藏驻军的重要地点，1733年后在昌都驻兵五百，三年一换，由滇军接替（注：牙含章著，《达赖喇嘛传》人民出版社，1984，第63、83、135、42、224、46、46页。）。今天昌都约有回族36户，190余人，清真寺仍然存在。